| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,448,304 | C→T | intergenic (+69/‑143) | ytfP → / → chpS | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP/ChpS antitoxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,448,304 | 0 | C | T | 97.1% | 99.6 / NA | 35 | intergenic (+69/‑143) | ytfP/chpS | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP/ChpS antitoxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (14/20); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTCCCTCACCTTTTGCTTTTCTCTCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATACTTTGTATAACTTAAGGAGGTGCAGATGCGTATTACCATAAAAAGATGGGGGAACAGTGCAGGTATGGTCATTCCCAATATCGTAATGAAAGAACTTAACTTA > NC_000913/4448066‑4448524 | ttGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTTCCTCACCttttt > 1:312040/1‑250 (MQ=255) 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1:429454/155‑1 (MQ=255) ttATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTTCCTCACCTTTTGCTTTtct > 2:429454/1‑155 (MQ=255) agcaCGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACCCGCATTCTTTTTTGTAATTTCCTCACCTTTTGCTTTTCTCCCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATAc < 2:86285/248‑1 (MQ=255) cGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTTCCTCACCTTTTGCTTTTCTCTCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATAc > 1:86285/1‑247 (MQ=255) 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TTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTCCCTCACCTTTTGCTTTTCTCTCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATACTTTGTATAACTTAAGGAGGTGCAGATGCGTATTACCATAAAAAGATGGGGGAACAGTGCAGGTATGGTCATTCCCAATATCGTAATGAAAGAACTTAACTTA > NC_000913/4448066‑4448524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |