| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,390,331 | C→T | Q10Q (CAG→CAA) | psd ← | phosphatidylserine decarboxylase proenzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,331 | 0 | C | T | 90.7% | 110.5 / 2.0 | 43 | Q10Q (CAG→CAA) | psd | phosphatidylserine decarboxylase proenzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (20/19); total (21/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
CGGCAGGCATGACCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGG > NC_000913/4390093‑4390574 | cGGCAGGCAGGACCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTGCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTATTGTAGCGAAAg < 2:308532/250‑1 (MQ=255) 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gCTGGCGGTGGCCGGTTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTATTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGAtt < 2:439292/251‑1 (MQ=255) ggCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTa < 2:410010/251‑1 (MQ=255) ccGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTATTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACgg < 1:197187/250‑1 (MQ=255) 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2:236008/251‑1 (MQ=255) gCAGAATGTATTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTcc > 1:38114/1‑251 (MQ=255) gAATGTATTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCAGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGCCGATTCTAACGTCGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAACAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCCGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCgg > 2:475216/1‑251 (MQ=255) | CGGCAGGCATGACCAGTACATTCGGATCGGTATCGATTGGGCGTACTTCGTCACGCAGCGGACGGACAAAGAATTCGTTAAAGGTGCGGTAGCTGGCGGTGTCCGGCTTTTGCGCCTCTTTCATGTCGACCTTGTAGTATTTAACGAACAGATCGATAACCAGTTTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCCTTCCTCAACCGCTTCCCGG > NC_000913/4390093‑4390574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |