| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,320,416 | G→A | T83I (ACC→ATC) | phnI ← | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,320,416 | 0 | G | A | 93.2% | 202.5 / ‑1.5 | 77 | T83I (ACC→ATC) | phnI | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (40/29); total (46/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCGCCTTCTCGCCCCCTTTCACGGCAACGTAC > NC_000913/4320175‑4320661 | ccccTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGGGCGGCGGCGGCTGCTGTGGGCTGGCGGGGG‑GGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGGAAAATCGAGCAGGCGATGGGGGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAgg < 2:366549/251‑1 (MQ=255) cgcCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCCGGGGAAAATCGAGCAGGCGCTGGGGGTAGTCGTAGGTTAGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTCTTAACGACGGCGATACGGCGGTCGAGACGCCTCCCGGGGGTGTCGAGCGGGTCCCTTTCCGCCACCTTCACCCACCTGGTGC‑GGCAGgcgccccggc > 2:306219/1‑245 (MQ=255) gcCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGGCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCCAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATTAACGACGGCGATACGGCGTTCGAGACGCCTCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGGGATGC‑GGTAGgcgcggcgc > 1:305116/1‑245 (MQ=255) cagGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGaaa > 1:158894/1‑250 (MQ=255) gggcggAAAACGGGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGGCGGCGG‑TGGGCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAAGCGAGCAGGCGATGGGTGTAGGCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGGTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAAt < 2:22985/246‑1 (MQ=255) aaCGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGGGTAGTCGTAGGGTGGGGCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGGGAAAAGGCGTTCGAGACGCAACCCGGGGGGGTCGAGCGGCCCGCTTATCCCCCGCCTCGCCACAGGGCTGC‑GGTAGGCGGGCGGCAGGaaacacacttccc > 2:281876/1‑241 (MQ=255) acgggcgggcacgtggtctgTTCGCTGTCGGCGGGTGG‑CAGCGTCGGTGATTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAACCGAGCAGGCGAGGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCAAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAAc < 2:324030/234‑1 (MQ=255) 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cTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCg > 1:9616/1‑251 (MQ=255) ttCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCgg > 1:164241/1‑251 (MQ=255) tCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAACCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATACGGCGTTCGAGACGCACCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCgg < 1:224721/250‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGc > 1:121348/1‑251 (MQ=255) cGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGctctc > 1:192315/1‑251 (MQ=255) gTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGctctct > 1:461437/1‑251 (MQ=255) gCATCCCGGTGGAGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGACGACTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGCAGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGACTCGGCGTCGGCTCTCTGGCAGGGCg > 2:175639/1‑251 (MQ=255) cATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCCGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCCGTTCGCGGTCGGCACTGCCGCCTTCGGTCATCCCGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCCGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCCCTCTTGCAGGGCGt > 2:213383/1‑251 (MQ=255) cccGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCCACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTAGGCTCTCTTGCAGGGCGTggg > 1:229169/1‑251 (MQ=255) tggtgTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGgcggcg > 1:121892/1‑251 (MQ=255) gtgtCGGGCGGCTCGCTGACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAACCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTc < 2:392719/251‑1 (MQ=255) gtgtCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCACTGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCTGCTCCCTTGCAGGGCGGGGGCGGCGTc > 2:326861/1‑251 (MQ=255) gtggggtgcggctctgttcccGCCTGCTTCGCCAACGTGAGGC‑GGTAGGCGGGCAGCAGGAAAAGCGCGTCAACGTTATCTCCGCGGCCCTGTGTCCGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCGCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTc < 2:17053/232‑1 (MQ=255) cgtggggcgcGCTTACCGCCAGCTCCGCCAACGGGATGC‑GGTGGGCCAGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCGGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGGCGGCAATGCCGCCTGCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAAGCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATc < 2:112630/242‑1 (MQ=255) cGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGCTGC‑GGTAGGCGCGCCGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGATAAACGGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCCAATCGGGATCGCCTCGGCGGCGGCTCTCTTGCCGGGCGTGGGGGGCGTCggtc > 2:148033/1‑248 (MQ=255) cGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATc > 1:308973/1‑251 (MQ=255) gAGCGGCTCGCTTTCCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTTTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCg < 1:232651/251‑1 (MQ=255) gAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCg < 1:358734/251‑1 (MQ=255) 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tCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGCTCGCCTtctc > 1:466713/1‑251 (MQ=255) cgctacccGCCAGCTTCGCCAACGGGGTGC‑GTTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCGCCTTCTCg < 2:158894/245‑1 (MQ=255) cGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCGCCTTCTCg > 2:57849/1‑251 (MQ=255) 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CCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTTCGCTGTCGGCGG‑TGGTCAGCGTCGGCGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTGTAGTCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGC‑GGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCGCCTTCTCGCCCCCTTTCACGGCAACGTAC > NC_000913/4320175‑4320661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |