| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,318,215 | G→A | L184L (CTG→TTG) | phnK ← | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,318,215 | 0 | G | A | 93.8% | 162.7 / ‑3.8 | 65 | L184L (CTG→TTG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base A (44/16); total (45/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGC > NC_000913/4317968‑4318457 | aGGCCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGGCACCGTCTCAATGCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCg < 1:300509/251‑1 (MQ=255) gctggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCgtg < 1:238272/248‑3 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGc > 1:31770/1‑251 (MQ=255) ggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCt < 1:445075/251‑1 (MQ=255) cGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGCGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑GGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAATCGGGCCTCCACCGac > 1:9110/1‑251 (MQ=255) acgcagtatctggaaccgagtCAATTCGGCAAATCCGAGGCCACCAGCAGCTGTGTATAAGGATGATGCGGGTCGTCGAGTACGTGGTCGGTTAACCCACTCCCCACCCATTGCCCCTGCTTCATCCCCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCCCCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCTGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATc < 2:363813/231‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGCTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCTACACATCCAGc > 1:50301/1‑251 (MQ=255) agcATCCGGCACCGGCACACTTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGAAGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGCCGGGTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACCCCTAAATCTTGGGGCGC‑AAGCACGACCGCG‑AGGTTCAGCTCCCCCACCACGCCCCGCC‑GCGGGTCGAGCCAGCGGGCCCGCAcctaccactccagc > 2:72524/2‑239 (MQ=255) cATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGTTGACACCAGCAGCTCTGCATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCTCTTGCCCCTTCTTCCTCACCAGCAAACGGACTGCCA‑GCAGGCGGGAGACGCCTCAATCATGCGTGAC‑AAACACCACCACGCAGGG‑CAGCTCCACCACCACGCCGC‑CACACCGGTCGAGCACGCGGGCCCGCCCCGACCCATCCAcccc > 2:288183/1‑251 (MQ=255) cACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCACACGGTCCGCCC‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGTGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCACCACCACCAGCCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCATAACCGGCACAACCAGCCCACcggtc > 2:380825/1‑251 (MQ=255) 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atgCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGCCACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACCCCAGCTTCGGATGCGTCCCCCGGTTGCGGGCaaacc > 2:214032/1‑248 (MQ=255) cggctctccctacctccgcgGTCGGTTAACCAACTCTCCACCAGTGGCCCTGGCTTCTCCATCACAAAACGCCCCGCCG‑GCAGGGGGGCGACCCCAAAATCTGGGGGGTC‑AACCACCCCCGCG‑AGTTTCAGTCCCCCCACCAGGCCCAGCA‑GCAGTTCGAGCAAGCGGGCCTCCACCTACCCTTCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTGCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTg < 2:399698/235‑1 (MQ=255) cGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCCTACACCCCAGCTTCGGATGCGTCCCCAGGTTGCGGGCCATCTGc > 2:317097/1‑250 (MQ=255) 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aCTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAggtgg > 1:241341/1‑251 (MQ=255) cccccccccggcccccTGTTTCACCCCCAGCAACCGGCCCGCCA‑GCGGGCGGGCGACGCCTAAATCAGGGGTGAC‑AATCCCCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GAAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCg < 2:448384/239‑1 (MQ=255) ccccTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGtcgtcgg > 1:10915/1‑250 (MQ=255) 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gggTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAat > 1:150192/1‑250 (MQ=255) ccccccccGCG‑AGGTTCAGCTCCACCCCCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCCCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTaa < 1:128748/245‑1 (MQ=255) accGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACg > 1:214513/1‑251 (MQ=255) ccGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACCCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGt > 1:348560/1‑251 (MQ=255) gcg‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGc > 1:142709/1‑251 (MQ=255) cg‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGcc > 1:219181/1‑251 (MQ=255) gaggttaagacccaccaccaGGCCGCGGA‑GAAGGTCGAGCAAGGGGGCCTGCACCGACACTCCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGccc < 1:320265/240‑1 (MQ=255) ggtttCAGCCCCCCCCCCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCCCCGCCACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGcccc < 1:103360/248‑1 (MQ=255) cTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGcc > 1:21463/1‑250 (MQ=255) tCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCAt > 1:236901/1‑251 (MQ=255) cccaccaccaGGCCGCGCC‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCCCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCAt < 1:381328/250‑1 (MQ=255) aGGCCGCGCA‑GCAGGTCGTGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGCAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGGTCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAACCACTTCTGCGAGGTGGCCCGAATATAGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCTATCACCCGCTc > 2:356958/1‑251 (MQ=255) ggCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGGCGATCCGGTTGGCGGGAAGCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCCCGAATATCGCCGGAATGACGGGCCCCGGTCGCCATCacccccccc > 2:430738/1‑243 (MQ=255) a‑gcagGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGGGCCCCGGGCGCCATCAGCCCCCCGCCGATAtt > 2:341809/1‑251 (MQ=255) gcagGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTg > 2:27384/1‑251 (MQ=255) gTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGGGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTgccgc > 1:373746/1‑251 (MQ=255) | AGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCA‑GCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGAC‑AATCACCACCGCG‑AGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCA‑GCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCGC > NC_000913/4317968‑4318457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |