| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,283,043 | G→A | F11F (TTC→TTT) | yjcF ← | pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,283,043 | 0 | G | A | 88.9% | 38.2 / ‑1.2 | 19 | F11F (TTC→TTT) | yjcF | pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (9/7); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
ATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCATTATCATTTTCTACGACTGTCAAAAATCGCTCATTTTTTAATGAGTTTATTTGTTTAATATTATGGGAAAAGGTGATGCATTTGGGAGAGGAAGAGTATTCCCCGGTCAGACGACCGGGGAAGGGGAGAGATTAATGCGCGCGGCCTTGCTCAACG > NC_000913/4282805‑4283277 | atTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGAAAAAACAtatt > 1:172072/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |