| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,500,129 | G→A | G74S (GGC→AGC) | frlA → | fructoselysine/psicoselysine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,500,129 | 0 | G | A | 97.0% | 96.8 / ‑3.8 | 33 | G74S (GGC→AGC) | frlA | fructoselysine/psicoselysine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (8/24); total (9/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
ACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATGGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCT > NC_000913/3499882‑3500373 | aCGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAgcg < 1:273550/251‑1 (MQ=255) cAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGACCGTTCTTGCAATCGCCGTCTGGACAACCGTCGGCTGCGGTATTTTTGTAGCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCTTGGCTTACGGTGCTCTCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGTAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGt < 1:52007/251‑1 (MQ=255) gtgcGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCACCGCAAGCGCGGATTTTGGGCCGGTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCTTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGTGCACGCCGTTGGTTACGGTGCGCGCTTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGTTTATCTGaaaa < 1:467749/248‑1 (MQ=255) gggAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑Ga < 1:482361/250‑1 (MQ=255) 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gggCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCg < 1:267934/251‑1 (MQ=255) ccGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGATCTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGtt < 1:403252/251‑1 (MQ=255) ggCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATAGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCt < 1:322628/250‑1 (MQ=255) 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1:266476/1‑251 (MQ=255) aaaaTAGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATATTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCt > 2:397776/1‑250 (MQ=255) | ACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGCTTATCCGGAAAATGGCGCAGATTATGTTTATCTGAAAAATGCCG‑GAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCT‑GGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCT > NC_000913/3499882‑3500373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |