| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,411,689 | G→T | E13* (GAA→TAA) | yhdJ → | DNA adenine methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,411,689 | 0 | G | T | 93.1% | 71.3 / ‑3.2 | 31 | E13* (GAA→TAA) | yhdJ | DNA adenine methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (16/11); total (17/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
GCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGA‑ACTAATTCAGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTG‑CCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAA > NC_000913/3411450‑3411919 | gCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGA‑ACTAATTCAGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGAcc < 1:46300/251‑1 (MQ=255) aCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGA‑ACTAATTCAGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCGACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTGTTTATAGGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGGTTGGTAATGAAGCTAAGACCAGTATTCACgt < 2:207300/251‑2 (MQ=255) aaTACACCGGAGGTAACCAGACCCGTGCTGAGCTTCTGAAGGGCATCCACCGAGGTACGAAGCGTAACAAATTGAAAAAATACGGAATGA‑ACTATTTCGGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTTTATGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCGTGAGAACCGGTTGTGAACCAACCGGGTTTGGGAAGTAAGATAAAACCATTATTCACGGTGATGCGCTTG‑c > 2:292583/1‑251 (MQ=255) acacCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGA‑ACTAATTCAGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTG‑CCg < 2:216414/250‑1 (MQ=255) 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ccaaggggagtgcctagaaaaaCAGGATGTGACCCGACCCTGTTTGGAAATAAAGCGAAGCCCATTATCCACGGGGATGCG‑TTGTCCGACCTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCa < 2:120851/231‑1 (MQ=255) gACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCGATATTCACGGAGATGCGCTTG‑CCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGTCCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGCAGCCTGGAATGAAGATCTGTTTTTCGACTGTCTGTTTGAAGAGATTGCAGAGTGGCACAGCGTTCTGAAAAAGCCGGGCAGCATGt > 2:16757/1‑251 (MQ=255) cATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTG‑CCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTAc > 1:367871/1‑250 (MQ=255) aaggttgggacccGACCCGGTTTGGAAATTAAGCTAAGACCATTAGCCGCGGTGATGCGCGTA‑CGCAACTTAAAAAGACCCCCGCCGGAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCAGCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAAc < 2:371331/240‑1 (MQ=255) aCCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTCTTCACAGTGATGCGCTCG‑CCGAACTTAAAAAGATCCCAGCCGAAAGTGTCGCTCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGAAAAAATTTGGATGGTCTGATCGAAGCCTGTAAAGACCATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGAGATTGCAGGTTGCCACCGCGTTCCACAAAAGCAGTGCCACCTGTACATCATGAACAGTACgtaa > 2:419275/1‑247 (MQ=255) | GCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGA‑ACTAATTCAGGTTAGCTAAATG‑CTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGT‑CACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTG‑CCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAA > NC_000913/3411450‑3411919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |