| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 97.1% | 107.0 / ‑3.6 | 35 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (17/17); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
CTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGG‑AACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCT‑G‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCC‑ATGCGCGCTT‑CAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCA > NC_000913/3329496‑3329975 | ctACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGAATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATg > 1:53611/1‑251 (MQ=255) 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cGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGG‑AACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAAAGAACCTGGAACGGGAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTTTGCT‑G‑GAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAAGGC‑ATGCGCGCCT‑CAAAGTGCCTGGAACATGGAGGGCCGGGGCGGGCGcccggcggcc > 1:142072/1‑241 (MQ=255) | CTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGG‑AACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCT‑G‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCC‑ATGCGCGCTT‑CAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCA > NC_000913/3329496‑3329975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |