| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,296,481 | G→A | V25M (GTG→ATG) | dolP → | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,296,481 | 0 | G | A | 98.5% | 212.2 / NA | 67 | V25M (GTG→ATG) | dolP | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (34/32); minor base C (1/0); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
GCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAAC > NC_000913/3296239‑3296723 | gCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTAcc > 1:343384/1‑251 (MQ=255) cgAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGt > 1:256147/1‑250 (MQ=255) cacaGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGc > 1:468734/1‑251 (MQ=255) ggAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGcc > 2:425341/1‑250 (MQ=255) ggAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGc > 1:292984/1‑250 (MQ=255) gagagacGCATTCCTTCGCATCTTAGTGCTCGCAGTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCAc < 1:333056/245‑1 (MQ=255) gagaTCCCCATGCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGACCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCAc < 2:145788/251‑1 (MQ=255) 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gTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTa < 2:323544/251‑1 (MQ=255) gTTGAAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTa < 2:61748/251‑1 (MQ=255) tGCAAGGTTGGGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACAATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTAt < 2:259749/250‑1 (MQ=255) cAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATggg < 1:110043/251‑1 (MQ=255) aaGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGCACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGACAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAACGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGATGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATggg > 2:185102/1‑250 (MQ=255) tgtgtgGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGAGTAAGAaagaag < 2:52797/148‑1 (MQ=255) tgtgTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GCCCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACCGATTAAGAaagaag > 1:52797/1‑148 (MQ=255) gtTGCCGCTGCCGTAAGGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTGGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGTGTAGACg < 2:200169/250‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGt < 1:425341/250‑1 (MQ=255) gCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAAc < 1:32146/249‑1 (MQ=255) | GCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACT‑GACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACA‑GCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAAC > NC_000913/3296239‑3296723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |