| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,201,548 | A→C | T18P (ACC→CCA) | ymfI → | uncharacterized protein YmfI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,201,548 | 0 | A | C | 95.0% | 53.7 / ‑2.4 | 20 | coding (52/342 nt) | ymfI | uncharacterized protein YmfI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (9/10); minor base . (1/0); total (10/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
TTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTT‑GAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTAC > NC_000913/1201334‑1201761 | ttGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTTAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGCCAAAAAAATTT‑GAAGAATTAATGCTTAACTTTCTg < 1:349419/250‑1 (MQ=255) aCCTTAAACCGCGTGCGCTGCGCCGCATTCACCACACCGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTTGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGCCAAAAAAATTT‑GAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAg < 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TTGTCAGCCTCAACCTTAACCCGCGTGCGCTGAGCCGCATTCACCACAACGCTAAGGATTCTCTCTGGTTGAAAATACTTAGCTGTTATGTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTT‑GAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACGCAAATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTAC > NC_000913/1201334‑1201761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |