| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,133,273 | G→A | G234S (GGC→AGC) | flgE → | flagellar hook protein FlgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,133,273 | 0 | G | A | 93.3% | 122.1 / ‑0.8 | 45 | G234S (GGC→AGC) | flgE | flagellar hook protein FlgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (26/16); total (27/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGCAGATTG > NC_000913/1133055‑1133516 | gTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGGTCGGGGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGTCAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGaataat < 2:221936/251‑1 (MQ=255) tGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTAAACCCAGGATAGCAGTGGTCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGGGCGATGGCGaataat > 2:415303/1‑250 (MQ=255) ccGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTACTGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGc > 2:306987/1‑251 (MQ=255) ttCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAAcc > 1:353713/1‑251 (MQ=255) 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aaaTGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCAAATAATATCGCAACCGTCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGCAg < 1:186010/249‑1 (MQ=255) tGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGCAGATTg > 1:245567/1‑251 (MQ=255) | GTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGCAGATTG > NC_000913/1133055‑1133516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |