| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 18,477 | T→C | V330A (GTG→GCG) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 18,477 | 0 | T | C | 90.3% | 67.2 / ‑0.1 | 33 | V330A (GTG→GCG) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (4/24); total (6/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
AGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGCGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCTTTTCATTGTTATCAGGGAGAGAAA > NC_000913/18234‑18715 | agcgaCTGGAGCATGTGTTACACACGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGgggggg > 2:426104/1‑251 (MQ=255) ggAGCATGTGTTACACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGAgggggctccgg > 2:185409/1‑244 (MQ=255) aGCATGTGTTACACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGc < 1:355629/251‑1 (MQ=255) gtgtTACACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCAGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTgggggatctcgttggtgt > 1:376189/1‑237 (MQ=255) tgtttctcccGTGGGTTGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTAt < 1:276010/243‑1 (MQ=255) cGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATc < 1:180233/251‑1 (MQ=255) gTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCt < 1:390244/251‑1 (MQ=255) tGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGc < 1:334478/250‑1 (MQ=255) gCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGG‑GTGTACGCTGGATGGCGTGACCACCATTCTGGTATTGGGGATCACCGCTGTGTTGCTGATTGGCAAGCCGCTGGGGATTAGGCGGTTTTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCGGCAAATTATGGGGGGGGGGCTCCTGTGTGGTGTCGTTTTTACTATGGCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCGTTTGGTAGCg < 2:451804/250‑1 (MQ=255) ccTGCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTa < 1:118920/250‑1 (MQ=255) gCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTa < 1:337920/206‑1 (MQ=255) gCAAGGTGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAAc < 1:192939/250‑1 (MQ=255) aaGGGGT‑CACGCTGGATGGCTTGGCCTACATTCTGCCATTGGGGAGCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTgg < 2:322430/251‑1 (MQ=255) 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2:230475/250‑1 (MQ=255) ggCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCt < 1:16871/251‑1 (MQ=255) gACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCCTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTc < 1:36053/250‑1 (MQ=255) tCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGATCTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTAtc < 1:176550/250‑1 (MQ=255) gCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGGGGGGGGCCTGTGCGGGGTCGGGTTTTTTATATCTTTTTTTTTTTTCCGCCCGGCCTTTTGTAGAGTAGATACAGAAATGGTTAACTGGGCGAAAATCGGGATACTGGTTGGTTCTTTCTCtt > 1:404895/1‑251 (MQ=255) ggggATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTcggcg < 1:107461/250‑1 (MQ=255) ggggATCATCGCTGGCGTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTcggcgg < 1:361447/251‑1 (MQ=255) 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tAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCa < 2:113027/250‑1 (MQ=255) tCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGGTCCTTTGCGGTATCGGGTTTATTTTGTCTTTCTTTTTTTCCAGCCCGGCCCTTGGTAGCGGAGATCCCGAAATTATTAACTGGGCGAAACTCGGGATCCTGGTCGGTTTTTTTTCTTTTGCGGTGATTGGATACAACTGGTTAtgcgcttgtgttcgtcccttcattt > 1:142913/1‑230 (MQ=255) cTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTAtc < 1:418399/195‑1 (MQ=255) gTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCTGTAAATTTTGGCGGTGGGGATCCTGTGTGGTTTCGGTTTTGCTATGGCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTTACTGGGCGAAACTCGGTTTCCTTGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTATTTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGc < 1:30287/251‑1 (MQ=255) gCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGTGCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCtgt < 2:122367/249‑3 (MQ=255) gCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCGGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCt < 2:252106/247‑1 (MQ=255) gggggAACTACTTATCAGCAAATTATGGCTGTGGGGATCCGGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTGTGGTAGCGTAGATGCAGATCTGATTACCTGGGCGAAACTCAGTATCCTGGTCGGTTCTATCACTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCAGCAGTTCGACAGGACGGTTTACCGGGTGGTCATAAACCGCTCCCTTTTCAttt < 2:253024/249‑2 (MQ=255) aGCAAATTATGGCGGTGGGGATCCGTTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCTTTTCATTGTTATCAGGGAGAGaaa < 2:286765/251‑1 (MQ=255) | AGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGCGT‑CACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGGTTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTGGGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGGTAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCTTTTCATTGTTATCAGGGAGAGAAA > NC_000913/18234‑18715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |