| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,809 | G→T | V107V (GTG→GTT) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,809 | 0 | G | T | 93.3% | 129.0 / 0.5 | 45 | V107V (GTG→GTT) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (22/20); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
GGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGG‑CTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCT > NC_000913/17582‑18052 | ggcgCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑cctt < 1:18780/251‑4 (MQ=255) cAACCAGTGGATGGTAGAAATACTTTCTGGAGACGCTGGTTTAGCTCCGGGTTTGTGTACTTGAAACCAACAAAAACATGTTGGTAGGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTATGCGTTCTGGAAGTGAAACGTTAACTGATGCAAGGATCGCGAGCCAGCTTACTCCAGGCCGCATTTCTAGTTAGCGCCGCTATTGGCGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑Cctttcac < 2:477947/251‑4 (MQ=255) acccAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGCCGGGATGGAAGATAAACGTGAACTGCTTCAAGGTTCGCTAGCAAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCCGTTATCTCCCCTATTGGGGGGGTGATTGTTCCGGCATTACTCATTCTGGACTTTTact > 2:386026/3‑249 (MQ=255) ccAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑CCTTTAACTAt < 1:284025/251‑1 (MQ=255) 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aTTTTTCCTTTTCGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCTAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTCTTGGTGGGCTGATTGTTCCTGCATTACTCTATCTGT‑CCTTTAACTCTGCCGAGCTGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTCATCACATTGCATTTACCATTGGTGTGCTGTGGCGGTTTGGCAGTCGTGTTCCGttgtctctgaggg > 2:361447/1‑240 (MQ=255) tttttCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑CCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGa > 1:282238/1‑247 (MQ=255) ttCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCTCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑CCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCt < 1:383286/250‑1 (MQ=255) 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gttggATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGG‑CCTTTAACTATGCCGAGCCGATTACCCGCGTAGGGTGGGCGAGCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGTAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCATTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCAGTGTTCTACACTAAGGACTTATCGATGGCCTCTCTTTGCGTc < 2:478237/248‑1 (MQ=255) gatTGTTCCGGCAGTACTCTATCGGG‑CCTTTAACGATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCt < 2:290448/250‑1 (MQ=255) | GGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGG‑CTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCT > NC_000913/17582‑18052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |