| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,350 | G→T | intergenic (+340/‑139) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,350 | 0 | G | T | 97.0% | 96.5 / ‑6.0 | 33 | intergenic (+340/‑139) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (20/12); minor base C (0/1); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGC > NC_000913/17126‑17562 | gtgGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAt < 2:179370/250‑1 (MQ=255) tttAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCTATTATTGTCGACTAGCTGGATTATTTTTGTATTATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAATTTAATTATTACTTTTACAAATTAATCCATCAGAAATCCTCACTTTAAGCTATGTTTATCTGTGTTTAGGGTCAATCGTGAGCGCTTACAGCAGTCAAAAATCTGATCTAACAGCTGTTGGAGCAAATTCTTCactggagc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |