| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,774,947 | G→A | G544S (GGT→AGT) | yfjW → | uncharacterized protein YfjW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,774,947 | 0 | G | A | 91.7% | 27.9 / ‑3.5 | 12 | G544S (GGT→AGT) | yfjW | uncharacterized protein YfjW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (6/5); total (7/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
AACGGGAAACATTTGTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTG > NC_000913/2774722‑2775190 | aaCGGGAAACATTTTTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAatt > 1:145191/1‑251 (MQ=255) aagcggtgaTTACTATTTCTGAAGGGATTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATTTTGTTTTTGTTGATAATAAAATAATGATCCGTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTATCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGAtgtg < 2:45993/244‑1 (MQ=255) aaTCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGAtgtg < 2:193346/251‑1 (MQ=255) cTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAACTATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAAtt > 1:232488/1‑251 (MQ=255) aataaAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGc < 1:284247/250‑1 (MQ=255) aGCAAAAAAATCAATATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATCACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTCAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCtttttt > 2:123551/1‑250 (MQ=255) acaGCAGATCTTGTTTTTTTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTTCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTGCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGATCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTaa < 2:115488/251‑1 (MQ=255) tgATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAACGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAACTATCCTAAGTTAAGCATGTTTTTAAAGc > 1:37409/1‑251 (MQ=255) ggATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCt > 2:257289/1‑251 (MQ=255) aaaGTATATATTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGCTGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGAGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTTTTGTTTa > 2:117454/1‑250 (MQ=255) atatatTTGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGcc < 1:266860/251‑1 (MQ=255) tGGTTTAAGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTg > 1:277462/1‑251 (MQ=255) | AACGGGAAACATTTGTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTG > NC_000913/2774722‑2775190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |