| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,337,394 | A→G | S522G (AGC→GGC) | acnA → | aconitate hydratase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,337,394 | 0 | A | G | 94.4% | 50.2 / NA | 19 | S522G (AGC→GGC) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (10/7); minor base T (0/1); total (10/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGGCCGCAGGCTTGCTGGCGAAAAAAGCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCGGTTTATCTGAAAGATATCTGGCCATCGGCACAAGAAATTGCCCGTGCGGTAGAACAAGTCTCC > NC_000913/1337162‑1337636 | gATGGCCGCAGGCTTGCTGGCGAAAAAAGCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTcggt < 1:44993/250‑1 (MQ=255) ggCCGCAGGCTTGCTGGCGAAAAAAGCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTcggtgcgg > 1:211016/1‑251 (MQ=255) ggCCGCAGGCTTGCTGGCGAAAAAAGCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTcggtgcg < 1:79833/250‑1 (MQ=255) gCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTg > 1:28272/1‑250 (MQ=255) gCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAatat > 1:292256/1‑251 (MQ=255) aaaaGCGAAACTGACACCGTCTCTCGACGAACGGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGAACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTCGGGGCGGTGCTGTCCGGCAACCGAAAATTTGAAGGCCGTATCCATCAGCTGGTTAAAACTAACTGGCAGGACTCGCCGCAGCTGGAGGGTGACTATGAGCTGGCGGGAAATATg > 2:237864/1‑250 (MQ=255) aGCGAAACAGACACCGTTTCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGCATACGCTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGCAACGGCACTCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGAAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTACCTGGCTGGCCTGGCCGCCGGTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGTCAATATGact > 2:154983/1‑248 (MQ=255) 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aTCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGGAATATGAATATCCACCTGGCTTCTTAGCCTATCGGCCATGATTGCAAAGGCGGTCCGGTTTATCTGGAAGATATCTTGCCATCGGCACAAGACATTTCCCGt > 1:122376/1‑251 (MQ=255) gCAACCAAAAAAGG‑CGATTAAACCGGCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTACCTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCGGTTTATCTGAAAGATATCTGGCCATCGGCACAAGAAATTGCCCGTGCGGTAGAACAAGt < 2:38536/251‑1 (MQ=255) ataaaaaagG‑CGATGTAGCCGTCGGTGCAGTGTGGGCCGGCAACCGGAATTTTGAAGGCTTTTTCCTTCCGCGGGTTAAAACTTCCGGGCGGGCCTCGCCGACGCTTGTGTTTGTCTTTGCGCTGGCGGGAAATATGAATAGCAGCCTGGGTTCTGAGCCTACCGGCCATGATCGCAAAGACGATCCGGTTTATCTGAGAGATATCTGGCCATCGGCACAGGAAATTGCCCGTGCGGTAGAACAAGTCTcc < 2:216820/249‑1 (MQ=255) | GATGGCCGCAGGCTTGCTGGCGAAAAAAGCCGTAACTCTGGGCCTCAAGCGGCAACCATGGGTCAAAGCGTCGCTGGCACCGGGTTCGAAAGTCGTTTCTGATTATCTGGCAAAAGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAAG‑CGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAACTTTGAAGGCCGTATCCATCCGCTGGTTAAAACTAACTGGCTGGCCTCGCCGCCGCTGGTGGTTGCCTATGCGCTGGCGGGAAATATGAATATCAACCTGGCTTCTGAGCCTATCGGCCATGATCGCAAAGGCGATCCGGTTTATCTGAAAGATATCTGGCCATCGGCACAAGAAATTGCCCGTGCGGTAGAACAAGTCTCC > NC_000913/1337162‑1337636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |