| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,040,126 | G→T | L277L (CTG→CTT) | appB → | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,040,126 | 0 | G | T | 95.2% | 49.3 / NA | 21 | L277L (CTG→CTT) | appB | cytochrome bd‑II subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (6/14); total (6/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCG‑TGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTAC > NC_000913/1039889‑1040372 | gCGTTCACAGTGGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATgg < 1:195524/248‑1 (MQ=255) ggctaccaaatgccctggtgtgtgggTGATGTGGTGCTGTTTGCCTGCGGGTTACTGGCTGTGGGGCGGTTGTGATGGCGTTGTACTGCTCGCCCAGGATGATAACGGTTCTTCCAATCCGTTAATGAATCTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGATTCGCCCGTTTTGTGTATCGTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTgg < 2:87299/225‑1 (MQ=255) cattGTTGGTGATGCGGTGCTTTTGGCGGGCGGGTTACTGGCTTTGGGTCTGTATTGTGGGCTGTGTACTGCTCGCCCAGGATGTGAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGTCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGTTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGTGTTGGGGAttt < 2:295407/248‑1 (MQ=255) tGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGGTGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGCTTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGAtttttt > 1:51488/1‑250 (MQ=255) ttatGCTGGGGTGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGTCTTTTGACTGCTCGGCCAGTATGCGAACGGGCCTTCCAATCCGTGAATGAAACTGGGGGCAGGGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTTTGGAGCTTCTCGCTGCTGGGATTCTTCTGTCCATGGCTTGCGGTGATGGCGATTTATCGTGTTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTgttg < 1:196346/245‑4 (MQ=255) cgtgTTACTGGCTGTGGGTCGGTCTTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGTTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGTCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCTCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTg < 1:34116/248‑1 (MQ=255) ggCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACg < 2:51488/251‑1 (MQ=255) 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ggggATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCACTTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGAATCACGCTGTTCCCCTTTATCACACCGGCAAACGGTG‑GTCCAGTCTCCAGACGTACATTGTGGGCCAGTACTTCCAGATAGCTGACGCTGTGCATTCTGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTACCCATTTTGtttacctac > 2:110086/2‑244 (MQ=255) tGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCG‑TGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCCGTCAGCTGACGCTGTGCCTTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTTCTCTACACTCTCTGGGGCtactac > 2:53300/1‑251 (MQ=255) | GCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCG‑TGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTAC > NC_000913/1039889‑1040372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |