| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,474,355 | 0 | G | C | 22.9% | 57.8 / 23.0 | 35 | Y66* (TAC→TAG) | rpsL | 30S ribosomal subunit protein S12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/13); new base C (3/5); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATTGTCCAAAACTCTACGAGTTTAGTTTGACATTTAAGTTAAAACGTTTGGCCTTACTTAACGGAGAACCATTAAGCCTTAGGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTCGAAACCGTTAGTCAGACGAACACGGCATACTTTACGCAGCGCGGAGTTCGGTTTTTTAGGAGTGGTAGTATATACACGAGTACATACGCCAC‑GTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACG > NC_000913/3474106‑3474601 | gATTGTCCAAAACTCGACGATTTTAGTTTGTCATATAAGTTAAAACGTGTGGCTTTATTTAACGGAGACGCATTAAGCTTTAGGACGCTTCTCGCCATTCTTGGAACGGTCCGGCTTACGGTCTTTAATGTCGTGGCGGTCAAGCGCACTCCGCACGTTGTGGTAATGAACACCCGGAAGTTCTTTACCGTGACCTCCTCGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGTTGTGACCTTCTCCACCGATGt < 1:145194/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |