| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,392,725 | C→T | intergenic (+67/‑167) | glyY → / → yjeV | tRNA‑Gly/uncharacterized protein YjeV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,392,725 | 0 | C | T | 83.3% | 43.7 / 6.3 | 24 | intergenic (+67/‑167) | glyY/yjeV | tRNA‑Gly/uncharacterized protein YjeV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (9/11); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
ACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGTTTTGTCGAGTCGATCACTTGACGATTTTATTCGTCTTGAATTGCAATGCGTTTTTATTTTTATTCACAAGCTGTGGATGAATCAGGCGTCAC > NC_000913/4392497‑4392938 | aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGAAAGGCACAGAGCACCCAAGCGGGAAAAGCTCAGTTGGTAGAGCACGAACTTGACACGGTCGGGGACGCGAGTTCGAGTCTGGATTCCCGCACCAAAATCTTATCGCAATAAAATACACACAGCGGCATGATGTGTTATTGTTGGTTTTTGTTGTCTCTGATAAAATTTTGTAAACaggtgttt > 2:127660/1‑245 (MQ=9) tgcaaaGGTCGGGGTCGCGATTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGATAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCcaca < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |