| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,707,883 | G→A | intergenic (‑178/+733) | dppA ← / ← proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,883 | 0 | G | A | 96.3% | 86.8 / ‑4.5 | 27 | intergenic (‑178/+733) | dppA/proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (11/15); minor base T (0/1); total (11/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
GGTCATAGCCACCAGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAAC > NC_000913/3707643‑3708127 | ggTCATAGCCACCAGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGGTCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAAt > 1:147799/1‑251 (MQ=255) caccaGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAAc < 1:241699/237‑1 (MQ=255) caccaGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAAc > 2:241699/1‑237 (MQ=255) caGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCa < 1:29476/251‑1 (MQ=255) 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tGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTg > 1:136568/1‑235 (MQ=255) aaaCATCAGTGTAACAGTGCGGAGCCATCATAAAATGACACTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTTTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATAATAAACAACATTTGGTGATTAATTTTTATGCATTTAATGaaaaat < 2:110020/250‑2 (MQ=255) aTCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTaaaa > 1:65570/1‑131 (MQ=255) aTCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTaaaa < 2:65570/131‑1 (MQ=255) gtAACAGTGCGTATCCACCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAAGCTTTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGTGAATTACACTAACGGTTAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTACAAACAGCTATTTGCATCAGAGATATTTTTGCTACTGCAAAATGATCAGAACAATCAGCTTAATATATAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTAAGCATTTAATGAAAAAAATCTTAggta < 2:88739/251‑3 (MQ=255) aCAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGATAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTaa < 2:87082/249‑1 (MQ=255) cAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAAc < 1:274770/251‑1 (MQ=255) | GGTCATAGCCACCAGGCTGAGACCAAGCTTCAGCATCCCTGACTTTTTCAAGGAAATACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAAC > NC_000913/3707643‑3708127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |