| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 302,186 | C→T | E130K (GAG→AAG) | paoA ← | aldehyde dehydrogenase, Fe‑S subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 302,186 | 0 | C | T | 96.5% | 175.0 / ‑3.9 | 57 | E130K (GAG→AAG) | paoA | aldehyde dehydrogenase, Fe‑S subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (23/32); total (24/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
GACAGATGTTGCCGCTCATACGTTCACGGATCTCATCGGCAGTTGTTTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTG > NC_000913/301949‑302428 | gACAGATGTTGCCGCTCATACGTTCACGGATCTCATCGGCAGTTGTTTCTGGAGCGGAAACCAAATCGCCCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAACGGCCGCCTGCATGGGGGGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCtgctgc > 2:16941/1‑251 (MQ=255) 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GACAGATGTTGCCGCTCATACGTTCACGGATCTCATCGGCAGTTGTTTCTGGAGCGGAAACCAAATCGACCGTGACGTGACTGGGAATGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTG > NC_000913/301949‑302428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |