| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,877,914 | C→G | intergenic (+296/+655) | iap → / ← cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,877,914 | 0 | C | G | 95.0% | 61.2 / ‑2.5 | 20 | intergenic (+296/+655) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (11/8); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
CCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGCGGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTAGTTTCCGTATCTCCGGATTTATAAAGCTGACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCGC > NC_000913/2877668‑2878158 | cctaGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGCGGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCGgggg < 1:72582/248‑1 (MQ=255) 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aaCTCCGGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCACCCCCCGGTTTATCCCAGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTAGTTTCAGTATCTCCGGATTTATAAAGCTGACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAAATCGc > 1:137637/1‑251 (MQ=255) | CCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGCGGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTCTGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTAGTTTCCGTATCTCCGGATTTATAAAGCTGACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCGC > NC_000913/2877668‑2878158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |