| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 246,747 | G→T | S12S (TCG→TCT) | yafL → | NlpC/P60 family protein YafL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 246,747 | 0 | G | T | 97.4% | 244.0 / ‑4.0 | 78 | S12S (TCG→TCT) | yafL | NlpC/P60 family protein YafL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (50/26); total (51/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCT > NC_000913/246504‑246984 | ggggTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTAc > 1:327931/1‑251 (MQ=255) 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acTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCaaa > 1:44778/1‑249 (MQ=255) cTGCAACATTAAAGCATACCCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTATGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTAAGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGGGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAgg > 2:322754/1‑251 (MQ=255) gCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGAGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGgc > 1:343606/1‑251 (MQ=255) cATTAAAGCCTGACAAGACATTATTGTGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTTATTTGCAAGCGACACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGACCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAACACAGTACCAAACACATCTGAAAAAGAAGGCAAGCTATATTGTGGCAGGAAAAGCCAAAATCAAAAGGGCGCt > 2:279423/1‑250 (MQ=255) ttacagcatgcaaaGCCATTATTGAGTATGTTCTTGCCGTAGATTCCATCCTTTGTATTGACTAGATTCATGTTG‑ATTTGTTTGACGTTTTCTTCATTTGCAAGCGCCACCACATCACATCTCTCTTTCAGATACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTCTTAAAACAGGACCACAGTCATCTGAAAAAGCAGGCCCGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAggcggatacg > 1:187713/14‑243 (MQ=255) ttAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCAGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGAAGGCCAGCTATATTGTGGAAGACAATGCCGAAAGCAAAATGGCGCtccg > 1:187722/1‑248 (MQ=255) 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tGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATATGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTAACAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAAACGGGAGCAGAt > 1:204612/1‑250 (MQ=255) aTGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAAc < 1:237386/250‑1 (MQ=255) ccGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATcc > 1:224578/1‑248 (MQ=255) 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GGGGTATCTCCTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTG‑ATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCT > NC_000913/246504‑246984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |