| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 4,541,967 | IS5 (–) +4 bp | intergenic (+408/‑67) | fimB → / → fimE | Type 1 fimbriae regulatory protein FimB/regulator for fimA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3652036 = | NA (NA) | 28 (0.890) | 26/480 | 0.3 | 100% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 4541970 | 0 (0.000) | intergenic (+411/‑67) | fimB/fimE | Type 1 fimbriae regulatory protein FimB/regulator for fimA | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 16 (0.510) | 15/480 | 1.0 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4541967 = | 0 (0.000) | intergenic (+408/‑70) | fimB/fimE | Type 1 fimbriae regulatory protein FimB/regulator for fimA | |||||
TAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGGAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCAGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGATTATTGTCTTATTCTGTTGGCATATCGGCATGGGATGCGTATTAGTGAACTGCTTGATCTGCATTATCAGGACCTTGACCTTAATGAAGGTAGAA > NC_000913/4541731‑4542214 | gggataaggtcgccggccattaccagccgtggggtaaaacgtctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcggtacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgctccttccCTAATTTtgacctat < 2:293109‑M2/15‑4 (MQ=255) 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(MQ=255) | TAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGGAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCAGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGATTATTGTCTTATTCTGTTGGCATATCGGCATGGGATGCGTATTAGTGAACTGCTTGATCTGCATTATCAGGACCTTGACCTTAATGAAGGTAGAA > NC_000913/4541731‑4542214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |