| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,040,433 | C→A | A319D (GCC→GAC) | msrP → | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,040,433 | 0 | C | A | 94.4% | 89.1 / 0.0 | 37 | A319D (GCC→GAC) | msrP | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (18/16); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
TGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTC‑CGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGAC‑TGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACC > NC_000913/2040187‑2040668 | tGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGCTTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGCGCGTC‑CGCCAACCACCTGGAATCTGGAAGCGCCTGACGAATCCGGGTATTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGACACCGAACGTTTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTATAGCGCCAGCCAACGCGACTGTTTATTGGTTACgcagccacg > 2:266258/1‑248 (MQ=255) 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1:206643/251‑1 (MQ=255) cGCTACTGTTTAATGGTTACGCAGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGAGCGATCAATCACGGTGGAC‑TGGGTGCCGATCCGGTGAAAGGTATTCAGAATTTTACTGGTCGACCTGCACTGAACTTTTTGCTGGCGAACttt > 2:280573/1‑250 (MQ=255) tACTGTTTAATGGTTACGCCGGCCAGGTGGCATCGCTGAATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCAGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGAC‑TGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGtt > 1:241008/1‑250 (MQ=255) cTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGAC‑TGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCCCTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAAt > 2:284168/1‑251 (MQ=255) 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TGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTC‑CGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGAC‑TGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACC > NC_000913/2040187‑2040668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |