| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 537,531 | C→T | intergenic (+67/‑102) | glxR → / → ybbW | tartronate semialdehyde reductase 2/putative allantoin transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 537,531 | 0 | C | T | 90.9% | 19.3 / NA | 13 | intergenic (+67/‑102) | glxR/ybbW | tartronate semialdehyde reductase 2/putative allantoin transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (5/5); minor base G (0/1); total (7/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
ATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATG > NC_000913/537298‑537776 | aTCTCAACCTGGCCCTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACACGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAGTCGGCCAGCACTCTTAAAAAAGAACGCAGCTAAAGCGGTTGCTTCAGt > 2:102605/1‑251 (MQ=255) ccAACCTGGAACTGCAAAGGGCGAAAGCACTTGCTCGTAACCTGCCAAACGCTGCGACCTGCCATGAGTTATTTAATACCTGGTCGGCAATCGGTGGCAGACAGTTGGATCATTATGCGTTATTGCAGGTGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGAGACCCGTAATAAAAATGGACGATAGCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCGAAAGATGTTGCGTCAGTAtg < 2:105788/250‑2 (MQ=255) cAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTaa > 1:235328/1‑250 (MQ=255) ccTGCCAGGAGTTATTTAATACCGGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGTCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTc < 1:143120/251‑1 (MQ=255) tGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACAATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAACTGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGAAGCAAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATc > 1:198485/1‑248 (MQ=255) ctGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCAt < 1:23818/170‑1 (MQ=255) ctGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCAt > 2:23818/1‑170 (MQ=255) gATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAAAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATCATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTgg > 1:146833/1‑251 (MQ=255) ccGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTAc < 1:185219/251‑1 (MQ=255) aGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTCTTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAATTTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGAGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAACACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTACCTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGATCATa > 2:264851/1‑250 (MQ=255) atTAAAAAAGAAAGCAGCTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTcc < 1:264851/251‑1 (MQ=255) aagCAGCTAAAGATGTTGCTACAGTAGTAAAAATAATAATTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGATAGATTAAAACAACGTTATGCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCTGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGa < 2:88999/251‑1 (MQ=255) gcagcTAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATg > 1:175717/1‑251 (MQ=255) | ATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATG > NC_000913/537298‑537776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |