| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,773,040 | (G)6→4 | coding (760‑761/1914 nt) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,773,040 | 0 | G | . | 81.2% | 76.5 / 20.8 | 32 | coding (760/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base . (16/10); total (21/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,773,041 | 0 | G | . | 81.2% | 80.5 / 16.8 | 32 | coding (761/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base . (16/10); total (21/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGCTGCCGCTGGCGTCTATCTTTGTTGAACCGGCGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATCTTCTCGCCGCTGGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCG‑CGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGC > NC_000913/3772797‑3773291 || aTGCTGCCGCTGGCGTCTATCTTTGTTGAACCGGCGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATCTTCTCGACGCTGGGTATTCAGCAGTCCAATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCACGGTCCCGGTATGGTCGAGCTGCTGGCGTACAGGTTCTTTGGTCGCGGTAGCGCTAAACAGTCTACGGGCGGGGCGGCAATCATCCACTTACTGGGGGGTaccac > 2:286469/1‑247 (MQ=255) gCTGGCGTCTATCTTTGTTGAACCGGCGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATCTTCTCGCCGCTGGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTAc < 1:161441/251‑1 (MQ=255) gTCTATCTTTGTTGAACCGGCGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATTGTCCCGCCGCTGGGTATACAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCATTCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTAGGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGTG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCg < 2:125670/251‑1 (MQ=255) cGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATCTTCTCGCCGCTGGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGA‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGCTGAATCcgcg > 2:135419/1‑251 (MQ=255) 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tATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTTACGCTGACt > 1:89781/1‑250 (MQ=255) ttCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCt > 1:340695/1‑251 (MQ=255) agcagTCCCATGGACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTggg > 1:49988/1‑251 (MQ=255) gTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACCGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATc > 1:50988/1‑194 (MQ=255) gAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTgg > 1:93176/1‑251 (MQ=255) ggTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTACACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑AATCCACGAAATCTCCTTACCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGACTGACTGTCGTGTTCCAGCTGACTATCCTGGGCggtgggttggtgtccg > 2:275798/1‑240 (MQ=255) ggTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTtc < 1:275798/249‑1 (MQ=255) tcttctTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTcc > 1:169915/1‑251 (MQ=255) cttcCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGAATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTATGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCATCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATAAATGGCGTGTTCACGCGTCCTATCCTGGGCGGCGGGCTGGTTTTTCCGGCATCTCCGGGt > 2:301238/1‑251 (MQ=255) cccAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATTCTTGCTGTAc > 2:60622/1‑251 (MQ=255) attgccaggtAGGCGCGTGCGGCTGGCGTACTCGTGCATTGGTCGTGTTAGTTCTAAACAGCCTGCGGGCGGTGCTGCAAGCATCCACGTCCTGGGG‑‑TTTCCCCGAAAACTACGTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCCGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGGTCACGCTGACTATCCTGTGCGGGGTTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTgg < 2:113835/245‑1 (MQ=255) tgctgcTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGAATATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGc > 1:3268/1‑251 (MQ=255) 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tCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTTGGCGGTGGTCTGGTTTTTCCGGCATCTCCGGGATCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGGCACCAAAAGGGGCTTACTTCGCTAACATcg‑c > 1:59203/1‑251 (MQ=255) cTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGG‑‑TATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGGGCTTACTTCGCTAACATag‑cg > 1:153496/1‑251 (MQ=255) aaCAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCG‑CGGGTGTGTGTGCGGCGATg < 1:60622/251‑1 (MQ=255) tcctggggTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGTTGCTTTCTTCGCTAACATCG‑CGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGa < 1:49164/246‑1 (MQ=255) cTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTTCTGTACTGGCGGTGGCACCCAAAGGTGCTTACTTCGCTTACATCT‑CGTGTGTTTTTGGGGCGATGGCTTTCTCCTTcttttgctcttccttttttttgt > 2:138582/1‑228 (MQ=255) ggTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCG‑CGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAg < 1:42304/251‑1 (MQ=255) gTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGATGACTATCCTGGGCGGTGGGCTTGTTTCTCCGGCATCTCCCGGGTCTATTCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAACAGGGGCTTACATTTCTAACATCGACGGG‑GTGGGTGAGGCGATGGCTGTCTCCGTCGTTGTCTCTGCTTTTTTGCTGAAAACCAGc > 2:280282/1‑251 (MQ=255) || ATGCTGCCGCTGGCGTCTATCTTTGTTGAACCGGCGAAAATCCTGTTCCTCAACAACGCCATTAACCACGGTATCTTCTCGCCGCTGGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCG‑CGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGC > NC_000913/3772797‑3773291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |