| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,780,701 | T→C | N676D (AAT→GAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,780,701 | 0 | T | C | 93.9% | 97.8 / ‑3.1 | 33 | N676D (AAT→GAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (13/18); total (14/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
CGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCTG‑AACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATA‑TACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCATTTTGCCGTTGGCATTAATAATCGTGTC > NC_000913/2780468‑2780944 | cgTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATACTTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATCCTG‑AACGGTTTGCGTGc > 1:406598/1‑251 (MQ=255) 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CGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGGTATTGATTGCCTTACCATAATTCTG‑AACGGTTTGCGTGCCACCATTGATGTGTGTTTTCTCTGTTGACCCACCATCAACAATTTGTTCACCACTTTCGATATTTGCTTCAGTGGCTAAACCATA‑TACCGTTTGCTTGCCACCTTTGATATTTGCTTTATCAGAAGTGGCACTGGCATATATTGTTTGGGTGCCAGCACTATTGAGTACAGTGCCAACATCTTTTCCATAAACATCCATTTTGCCGTTGGCATTAATAATCGTGTC > NC_000913/2780468‑2780944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |