| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 578,831 | 0 | T | C | 73.4% | 129.9 / 54.3 | 95 | T21T (ACA→ACG) | borD | prophage lipoprotein BorD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/12); new base C (32/37); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTT‑AACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAAT‑GATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTG‑TTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTG > NC_000913/578587‑579081 | gCAACTCATGCAATTATTGTGAACAATACACACGCGCTTCCAGCGGCGTATAAATACCTAAAGTAATAAAACCGCGCAATCCATTTACGACTGTTTTCTGGGTTTCTGTTTT‑AACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTGGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTTCCCAATTCCAGAAACGAAGAAAT‑GATGGGTGTTGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGCCGG‑TTTGTTTTGAGCAGTAAACGTCttt > 2:428243/1‑249 (MQ=255) aaCTCATGCCATTATTTTGCGAAATACACACGCGCCTCCAGCGGAGTCTAACCGCCTAAAGTAATAACCCCGAGCAATCCATTTACGAGTGTTTGCGGGGTTTCTGTTTT‑ACCAACATTTTCTGAGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGCAGAAAT‑GATGGGTGTTGGTTTCCTTTGGTGCTTCTGCTGTCTG‑TTTGTTTTGAACAGTAATTGTCTGttt > 2:451266/1‑250 (MQ=255) cTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTT‑AACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAAT‑GATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTG‑TTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTg > 1:418547/1‑249 (MQ=255) aaTTATTGTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTT‑AACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTGGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCACTTCCAGAAACGAAGAAAT‑GATGGTTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGCCGT‑TTTGTTTTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATcc > 2:4792/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |