| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 100,946 | T→C | M61T (ATG→ACG) | murC → | UDP‑N‑acetylmuramate‑‑L‑alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 100,946 | 0 | T | C | 98.9% | 324.7 / NA | 91 | M61T (ATG→ACG) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate‑‑L‑alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (58/32); minor base A (1/0); total (59/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GCCCGGGCGTAATTGTAGCGATGCCTTTTGCATCGTATGAATTTAAGAAGTTAATGGCGTAAAGAATGAATACACAACAATTGGCAAAACTGCGTTCCATCGTGCCCGAAATGCGTCGCGTTCGGCACATACATTTTGTCGGCATTGGTGGTGCCGGTATGGGCGGTATTGCCGAAGTTCTGGCCAATGAAGGTTATCAGATCAGTGGTTCCGATTTAGCGCCAAATCCGGTCACGCAGCAGTTAATGAATCTGGGTGCGACGATTTATTTCAACCATCGCCCGGAAAACGTACGTGATGCCAGCGTGGTCGTTGTTTCCAGCGCGATTTCTGCCGATAACCCGGAAATTGTCGCCGCTCATGAAGCGCGTATTCCGGTGATCCGTCGTGCCGAAATGCTGGCTGAGTTAATGCGTTTTCGTCATGGCATCGCCATTGCCGGAACGCACGGCAAAACGACAACCACCGCGATGGTTTCCAGCATCTACGCA > NC_000913/100700‑101190 | gCCCGGGCGTAATTGTAGCGATGCCTTTTGCATCGTATGAATTTAAGAAGTTAATGGCGTAAAGAATGAATACACAACAATTGGCAAAACTGCGTTCCATCGTGCCCGAAATGCGTCGCGTTCGGCACATACATTTTGTCGGCATTGGTGGTGCCGGTATGGGCGGTATTGCCGAAGTTCTGGCCAATGAAGGTTATCAGATCAGTGGTTCCGATTTAGCGCCAAATCCGGTCACGCAGCAGTTAACGAAt > 1:807585/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |