| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 97.3% | 237.1 / NA | 74 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (26/46); total (27/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑CAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCC‑TGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTG‑ATGTGGAA‑ATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGG‑TTGCCGGCGGGG‑CCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGA > NC_000913/968594‑969077 | aTTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGGGGTTAAACCGGGTTGATTTTTACAA‑GCAATTATGGGCCTGGTTCGGTTTCTACCGTTTGTTTTTATGCGGTAAAAACCATTCTGGCGGCACACCC‑ACATGTGCCCATCATCGTAAACGGCGACGGGTTTCAGCATTTCCGCCTGGGGCGGG‑ATGTggg > 1:681972/1‑250 (MQ=255) cgcgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑CAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGGAAAAGCCCTTCTGGCGCCACACCC‑TGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAACATTACCCTCTGGCGCGTA‑ATGTGGAA‑At > 1:108849/1‑251 (MQ=255) gcgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑CAACGCCCTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCC‑CGGTGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGGTTTCAGCATTACCGTCTGGGGCGGA‑ATGTGGGA‑Att > 1:697763/1‑251 (MQ=255) gTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑CAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCC‑TGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTA‑ATGTGGAA‑ATTGTCGTTAt < 1:17287/251‑1 (MQ=255) 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atagggtggtAAGGCTGAATCTTAGCCGCTGTTATTGTTGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑CAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCC‑TGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTA‑ATGTGGAA‑ATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTc < 2:582914/247‑1 (MQ=255) ggtAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGGTGAAACTGTGTTGATTTAT‑CAACGCACTGATGCGCCTGTTTCGGGTTCTCCCGGTCGTTCTGATGCGGTAAAAACCATTCTTGCGCCACACCC‑TGATGTGCAGATCATCGTAACCGCCGACGGGTTACAGAATTACCGTCTGGCGCGGA‑ATGTGGAA‑ATTGTCGTTTTTTGTGGTGTGGGTCGCGTTgg > 1:671448/1‑251 (MQ=255) aaTCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTAT‑TAACGCCCCGATGCGCCTGGTTCGGTTTCTCCCGTTCCTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTTTGGCGCAACACCCCTG‑TTTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTA‑ATGTGGGA‑ATTGTCGTTTTTGATGGTGTGGGTCGCTTTGGCAATGGCtgg > 1:160538/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |