| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,223,638 | T→C | intergenic (‑10/‑190) | iclR ← / → metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,223,638 | 0 | T | C | 98.2% | 192.6 / NA | 56 | intergenic (‑10/‑190) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (17/38); minor base A (0/1); total (17/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCT > NC_000913/4223397‑4223883 | cGCCAACCTGACGCACGAATCCCTGGTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATGGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTCCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTg < 2:339573/250‑1 (MQ=255)cGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTg < 2:281836/250‑1 (MQ=255) aaCCTGACGCACGAAACCCTGCTGGTGCAGCGTGGTGAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCg < 2:332060/251‑1 (MQ=255) aCCTGACGCACGAAACCCTGCTGTGGCAGCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGt < 1:417954/251‑1 (MQ=255) ccGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGaaa < 1:462675/250‑1 (MQ=255) gAAACCCTGCTGGTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcattt < 1:739455/251‑1 (MQ=255) aaccccTGCTGTTGCAACGTGGTTAGCAGGCGTTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAtcatttt < 2:555343/248‑1 (MQ=255) ctgctgTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGGTTTGC‑CGGGATGGGTGCGGCCCTGA‑CAGGATCCTTTTTCTGTATCCTGGGAAtccatttcattt > 1:140313/1‑251 (MQ=255) ggctgTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATcattttcatttt < 2:429913/250‑1 (MQ=255) gctgTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATcattttcatttt < 1:69475/250‑1 (MQ=255) gctgTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCAttttt < 1:796598/251‑1 (MQ=255) gcttCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGtt < 2:436320/248‑1 (MQ=255) aTCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTTGCGCCGTTCCC‑GGGAAAGGGTGGGGCCATGATCA‑TCTCCTTTTTTTTTATTGTGGTAATCATTTTTATTTTTTTTGtttg > 1:577456/1‑249 (MQ=255) gtggggTCGTGTAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCATTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCTGCAATCCACTCCATTAATTGCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTTCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTac < 2:109600/248‑1 (MQ=255) aaTTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTTTTTTCCGCGTTTTGC‑GGGGATGGGGGCGACCAAGA‑CAGTCTCCTTTTTCTTTTTTGTGGTAATCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACTAATTAACTAGTTacttacactattcc > 1:557466/1‑240 (MQ=255) aaaCCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGtt < 1:253172/250‑1 (MQ=255) cgcCAGTGCCGTGAGTGCCCCAGTGCCATTGGAGTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCGAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTGCTGTATCGTGGAAAACATGTTCAATTTGATTGTTAGCTAATGCAATAGCTGCTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAAtc < 2:309461/251‑1 (MQ=255) gTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCg < 1:471304/251‑1 (MQ=255) gTGCCCCACTGCCATTGGATTCGGCAATCCATCCCAGTAATTTCAGTGCACTTGTTAAAAACTGAACCTGTCCAGTCGCTGTTGCGGTGGCAACTGTGGGTTTTCGGTCGCTTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAACTAATACAATAGTTATTGAGCTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTGGCgtggt < 2:38166/251‑1 (MQ=255) gCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGGGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGTTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCAGTTTCATTTTTATTGTTAGCGAATGCAATAGTTACAGAACTGATCC‑GATGAGTTaa < 2:37424/222‑1 (MQ=255) acTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTTTTCCGCGCTTCTC‑GGGGAGGGGGGCGACCCTGA‑CAGGCTCCTTTTTTTTTATCGTGGGGATCATTTTTTTTTTTTTTTTTTACTAATGCAATAGTTTCTGAACTGTTCC‑GATGAGTTAATTTTTAACaaaactaattattttgggtgggggct > 2:155316/1‑228 (MQ=255) gCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCTTTAAAGACTGAACCTGTCCAGGCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTa < 2:551229/192‑1 (MQ=255) cATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGGTTTTTGCCGCGTTTCGCCGGGATTGGG‑GCGGCCATGT‑CAATTTCCCTTTTCTGTTTCGGGGGGAACATTTTTATTTTTTTTGTTCACTTATGCAATAGTTACTGTACTGATCCTGAT‑AGGTAATGTTGAACAAAtctccttttgctagggtgttgcctttat > 1:117278/1‑227 (MQ=255) cGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGGTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc < 2:765525/251‑1 (MQ=255) aaTTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATgg < 2:140313/250‑1 (MQ=255) 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aaCCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGt < 1:696230/251‑1 (MQ=255) gTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAGCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGa < 1:638132/249‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGCTGGTGCGGTGGGAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGGCCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGGTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGa < 1:743360/249‑1 (MQ=255) 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cggcggGTTTTCTGACGCGTTTCGC‑GGGAAGGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCAGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGagcagc < 2:289095/251‑1 (MQ=255) gtcggGTTTTCTGCCGCGTTTAGC‑GGGTATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATGTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCACGTGTGAgcagca < 2:562390/249‑1 (MQ=255) ggTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGt < 1:800003/251‑1 (MQ=255) 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cAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc < 1:247506/126‑1 (MQ=255) gTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGTTCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCt > 2:758446/1‑251 (MQ=255) | CGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCATGA‑CAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCC‑GATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCT > NC_000913/4223397‑4223883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |