| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,926,991 | G→A | L5L (CTG→TTG) | asnC ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,926,991 | 0 | G | A | 98.7% | 257.2 / NA | 76 | L5L (CTG→TTG) | asnC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (32/43); total (33/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTG > NC_000913/3926745‑3927235 | ccAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCGGCTTCGGGCTGACATCAATCCGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAAATaa < 1:292073/251‑1 (MQ=255) cAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAaataat < 1:88402/251‑1 (MQ=255) cgcgGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCACATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAAATAAtttt > 1:33511/1‑251 (MQ=255) cgGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAAATAATTTTcc > 1:2750/1‑251 (MQ=255) 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cGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAAATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGa < 1:416183/250‑1 (MQ=255) ggCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAAATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGtt > 1:294723/1‑251 (MQ=255) cATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCAGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTAGATCAAATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTATTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCtt > 1:453215/1‑251 (MQ=255) 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CCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATT‑GTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTG > NC_000913/3926745‑3927235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |