| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,925,834 | C→T | intergenic (‑201/+178) | mnmG ← / ← mioC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase subunit MnmG/flavoprotein MioC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,925,834 | 0 | C | T | 98.3% | 186.4 / ‑4.0 | 59 | intergenic (‑201/+178) | mnmG/mioC | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase subunit MnmG/flavoprotein MioC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (30/28); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
ACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGATTGCCTCGCATAACGCGGTATGAAAATGGATTGAAGCCCGGGCCGTGGATTCTACTCAACTTTGTCGGCTTGAGAAAGACCTGGGATCCTGGGTATTAAAAAGAAGATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGTGATCTCTTATTAGGATCGCACTGCCCTGTGGATAACAAGGATCCGGCTTTTAAGATCAACAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCGGAATGTCG > NC_000913/3925589‑3926072 | aCCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGATTGCCTCGCATAACGCGGTATGAAAATGGATTGAAGCCCGGGCCGTGGATTCTACTCAACTTTGTAGGCTTGAGAAAGACCTGGGATCCTGGGTATTAAAAAGAAGATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGTGATCTCTTATTAGGATAGCCCTGCCCTGTGGATAACAAGGATCCGGCTTTTAAGATCAATAACCt > 2:502623/1‑251 (MQ=255) 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taGGATCGCACTGCCCTGTGGATAACAAGGATCCGGCTTTTAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACg < 2:625472/250‑1 (MQ=255) tGCCCTGTGGATAACAAGGATCCGGCTTTTAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCAtt > 1:286783/1‑251 (MQ=255) cccgtgGATAACAAGGAGCCGGCTTGTAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTTGGAATGATCGGTGATCCGGGACCTTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACGGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATTCAAGCTTCCTGACAGAGGTATCCACATTAGGTCGCACTTTCTGTATACTTATTTGAGTAAATGAACCCACGATCCCAGCCAttctt < 2:86058/248‑1 (MQ=255) ggCTTTTAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGCTCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCGGAATg > 1:633591/1‑251 (MQ=255) ggCTTTTAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCGGAATg > 2:369728/1‑251 (MQ=255) tttAAGATCAATAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCGGAATGTCg < 2:211511/250‑1 (MQ=255) | ACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGATTGCCTCGCATAACGCGGTATGAAAATGGATTGAAGCCCGGGCCGTGGATTCTACTCAACTTTGTCGGCTTGAGAAAGACCTGGGATCCTGGGTATTAAAAAGAAGATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGTGATCTCTTATTAGGATCGCACTGCCCTGTGGATAACAAGGATCCGGCTTTTAAGATCAACAACCTGGAAAGGATCATTAACTGTGAATGATCGGTGATCCTGGACCGTATAAGCTGGGATCAGAATGAGGGGTTATACACAACTCAAAAACTGAACAACAGTTGTTCTTTGGATAACTACCGGTTGATCCAAGCTTCCTGACAGAGTTATCCACAGTAGATCGCACGATCTGTATACTTATTTGAGTAAATTAACCCACGATCCCAGCCATTCTTCTGCCGGATCTTCCGGAATGTCG > NC_000913/3925589‑3926072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |