| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,411,689 | G→T | E13* (GAA→TAA) | yhdJ → | DNA adenine methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,411,689 | 0 | G | T | 93.9% | 107.4 / 2.5 | 51 | E13* (GAA→TAA) | yhdJ | DNA adenine methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base T (23/23); total (26/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
TAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTAT > NC_000913/3411443‑3411933 | tAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GCCCCGGTTTGGTAATTAAgg > 2:336912/1‑250 (MQ=255) ccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACACGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTAGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCatt > 2:781042/1‑251 (MQ=255) ggACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGAACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTACGACCATTATTCAc > 1:530871/1‑251 (MQ=255) ggACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACAAGAGCCGTACTGCGCTGGAGGTGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAACATTGAAAAAATACGGAATGAACTAATTCAGATTATCGACATGATTGAATAATAAGGCGCTCCTCGGTGTGGTGAAGAGCCTTATTTATAGCTGTCACAAAGGGGGTGACAATTGGATAAGGATGAGCGCC‑GAGCCGGTTTGGTAATTTAGCTAAGAACATAATTCAc > 2:679735/1‑251 (MQ=255) gccaaccccccGTTGTAACCATACCCGTTCTGCGCTTATGATGGGCAGCAACCGTGGTACGTGGCGTAAATAATTGAAAAAAGACGGCATGAACTAATTCATGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTATTCGGCAGGGGGAAGCGCCTTTTGTATAGGCGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGACCAGGAGGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTCAGACCATTATTCACGGTGATGCGCtt < 2:564071/243‑1 (MQ=255) tACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGGGATGCGCTTGCCg > 2:517699/1‑251 (MQ=255) acCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAAc > 1:22667/1‑251 (MQ=255) 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gggaaccAACCGTGGTTCGTGGCTTAAAAAATGGAAAAAATACGGAATGAACAAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTCCTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTTTAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGGGAACC‑GCCCCGGTTTGGAAATTAAGCTAAGTCCATTTTTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGAGCCCCGCCGAAAGTGTCgatctgatc < 2:763782/245‑1 (MQ=255) gCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGGCGATCTGATCtt < 1:662009/251‑1 (MQ=255) cATCAACCGGGGTCCGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTAAGCTAAATGTTGGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTTAAAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATGCACGGTGATGCGCTTGCCTAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCttt < 2:50594/251‑1 (MQ=255) aTCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGACGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGTGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGTCCATTAATCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTg > 1:445153/1‑251 (MQ=255) aCCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCg > 1:322490/1‑250 (MQ=255) aCGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTATCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCTTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGATTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACccacca < 1:781042/250‑1 (MQ=255) 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ggtatcTAAATGCTTGATTAAAAAGGCTCTCCTGGGCATGGGGAAGCGCTTTTTTTATAGGTGCCACAAAGGGATTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GCCCCGGTTTGGTAATTAAGTGAAGACCATTATTCACGGTGATGCTCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCTAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGaaa < 2:378264/246‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGATAAAAAAGGCGGTACGCGGCAGGGGGACGCGCCTTTTTTAGAGGTGTCAAAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAGGGGAACC‑GCCCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGCCCATTATTCACGTGGAGGCGCTTGCAGAATTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGTTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATc < 2:530756/251‑1 (MQ=255) gtgcttgctTAAAAAGGCGCTACTCGGCCTGGGGACCCGCCTTTCTTCTAGGAGTTACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGCTGAGAACC‑GCCCCGGTTTGGTAATGCACCTAAGAACCTTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAAATTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGTTCTTTGCCGACCCACACTATAACACCGGTAACAATTCTGATTGTCTGATAGAAGCCTGGAATGTAGATCTg > 2:412704/2‑251 (MQ=255) gATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTGGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATc < 1:517699/251‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCg > 2:676878/1‑251 (MQ=255) aaaaaGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGAc < 1:336912/250‑1 (MQ=255) 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cATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGAtt < 1:82194/251‑1 (MQ=255) aTGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTg > 1:226154/1‑251 (MQ=255) gAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCt < 1:584159/193‑1 (MQ=255) gAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCt > 2:584159/1‑193 (MQ=255) 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ggAGTGACCATGAGAACAGGATTTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGACCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGgcag < 1:52649/251‑1 (MQ=255) gagaACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGGAcatc > 1:20836/1‑250 (MQ=255) aaaaaggaggTGAACC‑GCCCCGGTTGGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGGGAGGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATg < 2:517778/247‑1 (MQ=255) ggTAATAAACCTAAGACCATTATGCACGGTGATGCTCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTAt < 1:113403/251‑1 (MQ=255) | TAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACC‑GACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTAT > NC_000913/3411443‑3411933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |