| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 3 (0.040) | 3/486 | 5.5 | 5.3% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3350563 | 54 (0.720) | intergenic (‑104/‑14) | elbB/arcZ | low activity glyoxalase ElbB/small regulatory RNA ArcZ | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCAACCTGCTGCTTATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGA > NC_000913/3350319‑3350812 | aacAACCTGCTGCTTATCCTGTGCAACACCGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCt < 2:643131/249‑1 (MQ=255) agccTGCTGCTTATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAAGTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAATTTTTGCTATCTTaa < 2:65840/249‑1 (MQ=255) tgctgcTTATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACtgc > 2:316681/1‑251 (MQ=255) gctgctTATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACtgcg < 1:362043/251‑1 (MQ=255) tATCCGGTGCAAAGCAGTCCGCCTGCTCATCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCTCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTGCGCAATTGACTGAAACACAGTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACTCATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCgg < 1:457523/250‑1 (MQ=255) tATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACtgcgtgcg < 1:763194/249‑1 (MQ=255) ggTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTAAGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGa > 1:518452/1‑250 (MQ=255) gCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACtcatc < 1:60702/250‑1 (MQ=255) gAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCataat < 1:119448/251‑1 (MQ=255) acaacGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCCCACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAATTCTGTGCCCtgatgaatcccctaatgattttggta > 2:232759/1‑225 (MQ=255) 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ccgcATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCAcccc < 1:116487/251‑1 (MQ=255) tCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTTATGGCTCAGTATTCGCGCCCCCCGGTCt > 2:543755/1‑251 (MQ=255) cGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACCCATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCTCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAg < 1:716449/251‑1 (MQ=255) cGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAg < 2:303859/251‑1 (MQ=255) gCTCAGACTTACGCCAATTTTATTAATTGTGATCATCCTTTCGCACTTGAATGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTCAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCCCGCACCCCGGACTAGc > 2:393011/1‑251 (MQ=255) tCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCTCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCg > 1:412697/1‑251 (MQ=255) 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ATCAACCTGCTGCTTATCCGGTGCAAAGCAGACCGCCTGCGCACCGCTGCGTGAAATAGCTAACAACGTCAACACCGCTTCATGAATTTCAGAACCGTCATAGACGCCGCATCCGCTCAGAATTACGCCAATTTTCTTCATTGTGATCATCCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGA > NC_000913/3350319‑3350812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |