| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 480,295 | 2 bp→AA | coding (13‑14/219 nt) | hha ← | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 480,295 | 0 | G | A | 95.9% | 150.0 / ‑1.5 | 49 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (28/19); total (29/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 480,296 | 0 | G | A | 95.9% | 147.0 / ‑1.6 | 49 | P5F (CCT→TTT) | hha | hemolysin expression‑modulating protein Hha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (28/19); total (29/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
ACAGCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCCAGATATTCGTCGATCTGCTCAATGAGCTTATTGTCTTCATTATACTTAATTTTGTAATTAAGTGC > NC_000913/480056‑480534 || aCAGCCGTTTATAGCTCCCAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCTTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATTCCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGAc < 1:246771/251‑1 (MQ=255) gCCGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAAAGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGGCAt > 2:649187/1‑250 (MQ=255) cGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGCGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTTCGGCTGAGTAAAATACCGCCCGTTCATTATCTGATACTTCGTATTTTTTTTTCTCGATACCACGCTCCAACGTGTCAATTTTCTGGCAACGCCGTAAAC‑CACATAAATAATCGGTTTTCTTTAAAAATTTTTTGGAccttct > 2:439828/1‑246 (MQ=255) cGGTTATAGCTCCGAAAGCGAATTATTTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGTCGAGGCGGTGGTCTGCGGCTGTGTAAAAAACCGCCAGTTAATTCACTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGTTAAAACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGAAACGACGTAAAAGCA‑TTCAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCgggacatct > 2:939824/1‑244 (MQ=255) 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attattTATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCAGGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACTGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTaataat < 1:572973/251‑1 (MQ=255) ttattaGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTa > 1:703667/1‑250 (MQ=255) attaGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAAc < 1:649187/250‑1 (MQ=255) gAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATa > 1:11573/1‑250 (MQ=255) tttCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGGCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGGTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGGAATAATTATAACAAGGTaaaacagc > 2:966124/1‑245 (MQ=255) ccATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCA‑TTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAAATTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAgg > 1:70250/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |