| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 84,305 | 2 bp→CG | intergenic (‑597/‑62) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 84,305 | 0 | T | C | 96.0% | 164.6 / ‑5.8 | 51 | intergenic (‑597/‑63) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (27/21); minor base A (2/0); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 84,306 | 0 | C | G | 98.0% | 167.7 / ‑6.3 | 51 | intergenic (‑598/‑62) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/DNA‑binding transcriptional dual regulator LeuO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (29/21); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCGAATTTTACTCATTTTGCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTTC‑AGGATTATTTCTCTGCATTCCAATAAGGGAAAGGGAGTTAAGTGTGACAGTGGAGTTAAGTATGCCAGAGGTACAAACAGATCATCCAGAGACGGCGGAGTTAAGCAAACCACAGCTACGCATGGTCGATCTCAACTTATTAACCGTTTTCGATGCCGTGATGCAGGAGCAAAACATTACTCGTGCCGCTCATGTTCTGGGAATGTCGCAACCTGCGGTCAGTAACGCTGTTGCACGCCT > NC_000913/84063‑84546 || cATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTTCGCAACAAAAACATTATGGATTATTATGCTGTGGTAAATGACTCATTCCACGGCAATGGATTCTGTTTTTATCAGAACCCGTATCTTTATGTTTTCCTAATTTTACTCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATATGCATGATAAATCATATTCTCG‑AGGatt > 1:654160/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |