| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,556,486 | C→T | intergenic (‑166/‑88) | yjiC ← / → ytiC | DUF2686 domain‑containing protein YjiC/protein YtiC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,556,486 | 0 | C | T | 96.0% | 66.4 / NA | 27 | intergenic (‑166/‑88) | yjiC/ytiC | DUF2686 domain‑containing protein YjiC/protein YtiC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (14/10); minor base G (0/1); total (16/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTGGGTGATGAAGGAAGTGAGCATCTGTAATAATTTGACTCTGAAGGGCATTGCTTAATGGCATAGACATAATAGTTACCTTTTATGAGTATTTCACTGATGTTTAGAAAAATAGATAAATTTTTCTGTAGTAAAAAGAGAAGTAAACAAATGACATGCATGTTTCTGTTG‑TAGTGATATCAACTCTACACGGTGATATTAAAGGGTAGGAAACACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAATTTATATTATTTACAAACTAATTGTTTCAAATAATACATGGCTGATTATGCGGAAATAAATAATTTCCCACCGGAATTAAGTAGCAGCGGTGACAAGTATTTTCAT > NC_000913/4556249‑4556722 | tATTGGTTGATTAAGGAAGTGAGCTACTGTAATAATTTGTCTATGACTGGCATTGCTTAATGGCATATAAATAATATTTACCTTTTAGGAGTATTTCACGGTGGTATAGAAAAATAGATAAATTTTTCTGTAGTAAAAAGAGAAGTAATCAAATGACATGCATGTTGCTGTTG‑TAGTGATATCAACTCTACACGGTGATATTAAATGGTAGTAAACACTCTAAAGGATCAAAAAACGTTCAGTCAAAatt < 2:713258/250‑1 (MQ=255) 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TATTGGGTGATGAAGGAAGTGAGCATCTGTAATAATTTGACTCTGAAGGGCATTGCTTAATGGCATAGACATAATAGTTACCTTTTATGAGTATTTCACTGATGTTTAGAAAAATAGATAAATTTTTCTGTAGTAAAAAGAGAAGTAAACAAATGACATGCATGTTTCTGTTG‑TAGTGATATCAACTCTACACGGTGATATTAAAGGGTAGGAAACACTCTAAAGTATCAAAAAACGCTCATTTAAAATTATTTGCATGCAATTTAAAAGCATATCTTATTACTAATTGGAATTTGATGTTGCTATATTGAGGTCTATATTAATAATGCCTGTGAATGGTATTTTTGATGTATTTGATATGTTATCAATTTATATTATTTACAAACTAATTGTTTCAAATAATACATGGCTGATTATGCGGAAATAAATAATTTCCCACCGGAATTAAGTAGCAGCGGTGACAAGTATTTTCAT > NC_000913/4556249‑4556722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |