| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,508,810 | C→T | intergenic (‑193/‑199) | insI3 ← / → insO | IS30 family transposase/IS911B regulator fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,508,810 | 0 | C | T | 96.0% | 216.4 / NA | 79 | intergenic (‑193/‑199) | insI3/insO | IS30 family transposase/IS911B regulator fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); major base T (29/43); minor base G (1/2); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGT‑TGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGC > NC_000913/4508566‑4509053 | tccaaatttagaaaaCATATGCTTTTTCCACTGCTGAAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCACAACCCCATGTTTTCTCATAACTGGTACGAGGACCAATTGAATCCACATT‑TGCTTTTTTTAATATAGCTCGTACAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAAAATTTCATATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGTAGTACCGAGCCCTTTTCTTTCGGCGG‑TAATCCAtt < 2:757925/239‑1 (MQ=255) 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ttAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGATTTGAACTTTTTAGAGAAACGTTGGGGTTTTCGTCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTAtt > 2:874969/1‑251 (MQ=255) gCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAgt < 1:486332/251‑1 (MQ=255) tGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTcc < 1:85038/250‑1 (MQ=255) 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1:522422/251‑1 (MQ=255) ggtttaGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTTCCGTGTCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGGTCTGACAGCTTCGGCTTTTAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTc < 2:837425/246‑1 (MQ=255) cACCGTACGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCCGCGG‑TAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGCAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGAGCGCAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACACCTTCGGCTTTGAAATTTTTAGCGTACCGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTTGCTCCTTCTTTTGCCATTCTTTTTCAGGAAGGAGTTTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGaaaa > 2:92122/1‑250 (MQ=255) ccGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAAcc < 1:595310/251‑1 (MQ=255) 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ccAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTTAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGAGTCCGTTAAACTCCAGCTACCTCAGGAAAAACCCTCCTGaaaa > 2:456402/1‑250 (MQ=255) ccAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGaaaa > 1:3540/1‑250 (MQ=255) gAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACcag < 1:748892/251‑1 (MQ=255) gTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACcagac < 1:849180/251‑1 (MQ=255) ccTTTTCTGGCGGCGG‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATTCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCGACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACcagacggcagacgg < 2:632354/251‑1 (MQ=255) gcgg‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGc < 1:501556/251‑1 (MQ=255) gg‑TAATCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAAATAATCGGTAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAATCGTTCTGACAGCTTCGGCCTTGAACTTTTTATAGTAACGTTTTGTTTTTCTGCTCATGATTAGCTCCTTCTGATGCCATGCTATTTCAGCAAGGAGTTTCCTGTAAACGTAGGCTACTTCAGGAAGAACCGTCCTGAAAAACCAAACGGCAGACGGGCTGTATTACGc < 2:924816/249‑1 (MQ=255) | TCCATAGTTCAAAAACAGAGGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGT‑TGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGGAGTACCGAGCCCTTTTCTGGCGGCGG‑TAACCCATTGTCCTAAAGTGCCTTCAGGAAGAGATAATCGGGAAGCGCCTTCACTGATCGAAAGTTGATTTTCAAGAACCGTTCTGACAGCTTCGGCTTTGAACTTTTTAGAGTAACGTTGGGTTTTTCTGCTCATTATTAGCTCCTTCTGATGCCATTCTATTTCAGGAAGGAGTGTCCGTTAAACTCAGGCTACCTCAGGAAAAACCGTCCTGAAAAACCAGACGGCAGACGGGCTGTATTACGC > NC_000913/4508566‑4509053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |