| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,996,049 | T→A | L156* (TTG→TAG) | yigA → | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,996,049 | 0 | T | A | 97.9% | 435.0 / ‑4.7 | 144 | L156* (TTG→TAG) | yigA | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (71/67); total (76/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTTGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCG‑ATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGAT > NC_000913/3995803‑3996295 | tGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAgggg > 1:371678/1‑251 (MQ=255) gTTGATGGAACAGGCTAACGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTTTACCTGCAGCGCGTTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGc < 2:452014/251‑1 (MQ=255) ttGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGc > 2:196620/1‑250 (MQ=255) aCAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGCTCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGc > 1:963398/1‑251 (MQ=255) 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ctttACCTGCAGCGCAGTCTCCCCGCCGCGAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑GGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCCGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGGTTCCAGATCGCTGGTGCTTAGGGGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGGCAGACTTTCGAAACGCAGCGTATTACGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAACACTATCTTTGGCCACTTACCGGAcccgcgaggctggt > 2:52554/4‑239 (MQ=255) ctctACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑CCCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTAAGTCTTTCGAACCTCTGCGTATTCAGCG‑TTGGGGGCAGG‑AACAACACTATCTTGGACCTCTTAACGGACCAGAGCTTCtggg > 1:361165/1‑250 (MQ=255) ctctACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCCGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAAAGGACCAGGgctgccggg > 2:52537/1‑247 (MQ=255) ctACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTCTCTTGGGCCGCTTAACGGATCAGAGCTGCtggtgg > 2:507468/1‑251 (MQ=255) ctACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCtggagg > 1:504773/1‑248 (MQ=255) tACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTCGGTGCGCCGGCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCAGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAACG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGGACTAACATGGGCCGCTTAAAGGaaaagaactgacgggggg > 2:627270/1‑234 (MQ=255) tccTGCGGCCCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCGCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCtggtg < 2:29466/247‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGA‑TGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGA‑ACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGGGGTGc > 1:185531/1‑251 (MQ=255) cggcagcggtgttccACCGCCGCCAGCAGCTTCGACGATATGCGGGGTG‑TCTTTCACTGCTGGGCTGGCGATCTCGGGCTGGCAGGTGCGAGTCTGCTGCTGGTTCCGGGTCGCTGGCGCTGAGGTGCGCCGTCGA‑ACCCCACTCATCTGGCATTAAGCCGGCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCATCG‑TTAGGGGCAGG‑AACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCt < 2:628807/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |