| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,484,827 | C→T | L152F (CTT→TTT) | evgS → | sensor histidine kinase EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,484,827 | 0 | C | T | 98.0% | 161.5 / ‑4.3 | 49 | L152F (CTT→TTT) | evgS | sensor histidine kinase EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (26/22); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
ATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATAT > NC_000913/2484588‑2485072 | aTACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTc > 2:270073/1‑250 (MQ=255) aCCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTCTTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTCAAt < 2:655633/251‑1 (MQ=255) cGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGCCATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCCCCTT‑TCACGACTCAATGc < 2:696208/251‑1 (MQ=255) cGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAGTTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTCAATGCGACCg < 1:889135/251‑1 (MQ=255) 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tatCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATAATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCAAATTTAGTTACTTAGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCTGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTAAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGATAGGGTAGCAAATTAACCCCCAGACGAgata > 1:987796/1‑247 (MQ=255) aaaTTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGCCGCGCTTGCAGCAGGTGACGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCACTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGATATCCACCTA‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAACTTACCCCCACGACGAGGTAATtc > 2:478378/1‑250 (MQ=255) aaaTTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATtca < 1:869998/251‑1 (MQ=255) aaaTTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCGGCAACCAAACCATTGATAATTGCCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATtca < 1:53895/251‑1 (MQ=255) acacTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCatcaatc > 1:111214/1‑251 (MQ=255) gggAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCATCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACATTTCCGGCGCTGGTAACAACCTT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCAACAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCAAGACTAGGGAATTCATCAATCATTTcc > 2:900191/1‑250 (MQ=255) 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ATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCT‑TCACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAGTAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATAT > NC_000913/2484588‑2485072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |