| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 65,811 | G→T | intergenic (‑31/+44) | polB ← / ← araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 65,811 | 0 | G | T | 97.6% | 247.9 / ‑2.9 | 84 | intergenic (‑31/+44) | polB/araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase AraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (38/43); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
TAACGCCAGCGGTGTCAGGCGAAAGCCTTGTTCACCCTGCAAAAT‑ATGCTGAGCGCGGGGAACC‑TGATCGGCGGGAATAAACGCCACGGACTCTTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTAT‑CCAGCAGCGTTTGCTGC‑ATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATCCCCATATAAGCGACCTCTTCCAGCACGATGGCGTTATGCACCGCATCTTCGGCATTTTTGCCCCATGCAAACGGGCCGTGGGAATGGACCAGAACGC > NC_000913/65571‑66057 | tAACGCCAGCGGTGTCAGGCGAACCCCTGGTCCACCCTGCAAAAT‑ATGCGGAGCGCGGGGAACC‑GGATCGGCGGGAATAAACGCCACGCACTCTTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAGCGTCCAGTTGTCCGTCGCCATCCCGAAGGAGATTTCTGTCCCTGGCGGGGGGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGTAATTCCATCAAAAAACCAGGCTTGATTATAGCCTg < 1:61839/250‑1 (MQ=255)aaccgccgggggtgccaggcaaccgCCTTTTTCCCCCTGAAAAAT‑ATGCTGGGCG‑GGTGAACCCGGACCGGCGGGAATAACCGCCACGGACTCTTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGGCCGCCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGTAATTCCATCAAAAAACCAGGCTTGATTATAGCCTgg < 2:799297/227‑1 (MQ=255) aaccccAGCTGTGGCAGGCGACCGCCTTGTTCTCCCTGCAAAAT‑ATGCTGAGCGCGGGGAACT‑GGATCGGCGGGAATAAACGCCACGGACTCTGGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGGCGCCAGCCAGAAGGAGCCTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTTCGCCACGCTGTAATTCCATCAAAAAACCAGGCTTGATTATAGCCTGGt < 1:554229/247‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTGTCAGGCGAACGCCTTGTTCACCCTGCAAAAT‑ATGCTGCGCGCGGGGATCC‑TGATCGGCGGGAATAAACGCCACGTACTCTTGCGGTGCAAGCTTATCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGTAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTTTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCCCGCTGTAATTCCATCAAAAAACCAGGCTTGATTATAGCCTGGTTTc < 1:461832/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |