| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,301,992 | A→T | N271Y (AAT→TAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,301,992 | 0 | A | T | 93.2% | 254.1 / ‑5.1 | 92 | N271Y (AAT→TAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base T (57/25); total (61/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCG‑TTATTAACCAGGTAACC‑TATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACC‑GCTACC‑GTAGTGGTGAAATCGACAT‑GACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTG‑CAC‑TT‑ACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGCAAA > NC_000913/1301748‑1302236 | aaCTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAACTTCGGCGAACAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCG‑TTCTTAACCAGGTAACC‑TATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGTTGTCAACC‑GCTACC‑GTAGTGGTGAAATCGACAT‑ACCGAATAAc > 2:690927/1‑250 (MQ=255)aaCTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCG‑TTATTAACCAGGTAACC‑TATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACC‑GCTACC‑GTAGTGGTGAAATCGCCAT‑GACGTATAAc > 1:814265/1‑250 (MQ=255) gTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCG‑TTATTAACCAGGTAACC‑TATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACC‑GCTACC‑GTAGTGGTGAAATCGACAT‑GACGTATAACAGCATGCCGAt < 2:930227/251‑1 (MQ=255) ggCCAAACGCCGCTATCGAGACAATAGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATACCGTCACCAACGTTGCCTATACCTCAAAAGTATGGGTCGTAATCGCACTAATCGTTCTTGAACGTATCCCGCCCTACTGGACCAACGCGAAAACCG‑TTATTAACCAGGTAACC‑TATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGCCACCC‑TCGTCC‑GTAGTGTTGAAAGCGACAT‑GACGtatacctgcattacgatc < 2:76415/250‑15 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |