| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 97.8% | 277.0 / ‑3.3 | 92 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (34/55); total (35/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
GGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGT‑GG‑AAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGG‑CCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTG‑AAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGAT > NC_000913/968591‑969069 | ggTATTCGCGTGGGTGTCGTATCGCGGGGATATTGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAAtgt < 1:880045/251‑1 (MQ=255)ggTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGGTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGGTTCTTCCGTTCGTTCTGATGCGGGAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAAACGACG‑ACGGTTTTCAGCATTAACGGCTGGCGCGTAAtgt > 1:833898/1‑251 (MQ=255) cgcgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAAt < 1:646769/251‑1 (MQ=255) cgcgTGGGGGGTGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAAt < 2:872324/251‑1 (MQ=255) cgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGATCCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCTCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAAt < 2:649933/249‑1 (MQ=255) gTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGGGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGGTTCTCCCGTTCGTTCTGGTGCGGTAAAAACCCTTCTTGCGCCACACCCTGATGGGCAGATCATCGTAAACGACC‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑GAATTGTCGTTTTTgg > 1:684185/1‑250 (MQ=255) gcgGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGGTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAACCATTCTGGCGCAACAACCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACCGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAATTGTCGTTATTGATgggg > 1:660799/1‑249 (MQ=255) gcgGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGGGTTGATTTTTCAACGCACCGATCCGGCCGTTGCGGGTTCTCCCCTTCGTTCTGCTGCGGCAAAAACCATTCTTGCGCCACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCCACGGAGGTTTTAC‑GCATTTCCCTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑GAATTGTCGTTTTTTATgggg > 1:634982/1‑249 (MQ=255) ggATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCg < 1:655635/251‑1 (MQ=255) ggATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACCCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGGAAAAGCCCTTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGCCG‑ACGGTTTTCAGCATTACCGTCTGGCGCGGAATGT‑GG‑GAAATGTCGTTATTGATGgtggtcg > 1:726218/1‑247 (MQ=255) 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tATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACG‑ACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGT‑GG‑AAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCtggtg < 1:103033/248‑1 (MQ=255) ccGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGTTGAAGCTGTGTCCGTTTATCAACGCCCCCATGCCCCTGTTGCGGGTTCCCCCCTTCGTTCTGATGCGGGCAAAACCATTCTGCCGCACAACCCTGATGTGCAGATAATCGTAACCGACG‑ACGGGTTACAGCATTACACTCTGGGGCGTAATGG‑GG‑AAAATGTCGTTATTTTTGGGGTGCGTAGCTTTGGCCATAGCTGGTGGGTGcc > 1:447450/1‑251 (MQ=255) ccGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTTTGTTGATTTTTCAACGCAATGATTCGCCTGTTGCGGTTTTTCCCGTTCGTTTTGATTCGGGAAAAGACATTCTGGCGCAACACCCTGTTGTGCAGGTTATCGTAACCGACG‑ACGGTTTTCAGCATTAACGTCTGGCGCGTAATTT‑GG‑TAATTGTTGTTATTTTTGGTGTGGGTTGCTTTTGCAATGGCTGGTGGtttgc > 1:602446/1‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |