| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 246,747 | G→T | S12S (TCG→TCT) | yafL → | NlpC/P60 family protein YafL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 246,747 | 0 | G | T | 96.2% | 151.6 / NA | 53 | S12S (TCG→TCT) | yafL | NlpC/P60 family protein YafL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (35/15); total (36/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCG > NC_000913/246514‑246987 | cTGTGCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAtttg > 1:649855/1‑251 (MQ=255) gtgCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGAGTACTGTTGAtttgt < 1:752262/250‑1 (MQ=255) gggCTGTATATTTATTCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAtttgtt < 2:795125/249‑1 (MQ=255) attCAGCTTGAATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttcttc < 1:226532/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |