| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 89,145 | G→T | intergenic (+113/‑489) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,145 | 0 | G | T | 97.1% | 200.3 / ‑0.1 | 68 | intergenic (+113/‑489) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (21/45); total (22/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.91e-02 | |||||||||||
CACCGCGATGTCGCAGAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTG‑GTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATT > NC_000913/88904‑89386 | cACCGCGATGTCGCAGAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTG‑GTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAAAAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAAc > 2:758860/1‑251 (MQ=255)cACCGCGATGTCGCAGAGCGAGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTTGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTG‑GTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTaaa < 1:790076/250‑1 (MQ=255) cGCAGAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTG‑GTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGtta < 1:717748/250‑1 (MQ=255) gagctggtgCAGGAGAGTGTCATGGCAATCCTGGACGAACCTCGTAAGCCAAAACTTGTGTTTG‑CGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGTGACGGGCTCATCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCTTCTGGCGCGTATAGTACGGTAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAATGCTAGACTTGACTATTGTTGATAAGTTCTTTTAACcccgcactggaattaa < 2:595927/245‑12 (MQ=255) 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CACCGCGATGTCGCAGAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTG‑GTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATT > NC_000913/88904‑89386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |