| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,117 | G→A | R61R (CGC→CGT) | sgrR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,117 | 0 | G | A | 94.6% | 378.9 / NA | 134 | R61R (CGC→CGT) | sgrR | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); major base A (52/70); minor base C (1/6); total (54/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACCAGT‑TGATCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCGCGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGA‑ACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAA > NC_000913/76872‑77355 | tCGGAACTGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGCAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGCCGCGAGCGTTTACCACGccc > 2:402096/1‑251 (MQ=255) cGGAACGGCCCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTTCGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTTCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCg < 1:137380/251‑1 (MQ=255) ggAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCgc > 1:646593/1‑250 (MQ=255) aaTGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGG‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTc > 2:373769/1‑251 (MQ=255) cTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGt > 1:104923/1‑251 (MQ=255) cTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTAGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACgc > 2:273272/1‑250 (MQ=255) gCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGt < 1:828176/249‑1 (MQ=255) aGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCcgcg > 1:587833/1‑251 (MQ=255) gATAGTAGAGCACGCGCAGGCTGTGCCGCCCATCGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGCGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTAACACGCCCAACTTCCGCTTCCCACTTCAGCCAGCCGCGCTCCTGCATGGGGTTg > 2:353/1‑251 (MQ=255) aaTAGTTGAGCACGAGCAGGCTGTGCCGCAACTAACGGAAGCTGCGGCCAAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAAATGCACTAGT‑TGGGCGATACGATCCTGCTACAGAAGGTCTTCCGCCCGCTGTGGATGAAGCACCAGCCAGGCATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTAACACGCCCGCCTTCCGCTTCCCACGCGAACCAGCCACGATCCTGCCAGGTGTTg > 2:654705/2‑251 (MQ=255) 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cccTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGCGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGCCGCGaccc > 2:155937/1‑248 (MQ=255) cccTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGagc > 1:908857/1‑250 (MQ=255) cccTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGT‑CAGACGCGAGCGTTTACCACGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGagc > 2:907991/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |