| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,027 | A→G | D91D (GAT→GAC) | sgrR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,027 | 0 | A | G | 96.4% | 436.3 / 3.3 | 139 | D91D (GAT→GAC) | sgrR | DNA‑binding transcriptional dual regulator SgrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base G (61/73); total (63/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTGCCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCGATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACCAGT‑TGATCGATACGATCCTGCTCCAGCAGGTCTTCCGCCCGCTGTTGCTGAAGCGCCAGCCCGGTATAGAGGAATGTCAGACGCGAGCGTTTACCGCGCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAA > NC_000913/76781‑77272 | ctgcCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCTCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCg > 1:902322/1‑250 (MQ=255) gcccgtgggtggGC‑ATGTCCGCCTCCAATTCCCCCTTTTCCTCAGTTTA‑GCCCGGTAACGAACCTGAGGATT‑GCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATa < 1:367358/244‑1 (MQ=255) gcCAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGAt > 1:437527/1‑250 (MQ=255) cAGTGGTGGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACg > 1:421285/1‑251 (MQ=255) gtggtgGGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGAt > 1:455943/1‑251 (MQ=255) ggtggGCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATcc > 1:109014/1‑251 (MQ=255) gCGATGTCTGCTTCCAGTTCCCCATTTTCCTCA‑TTTATGCGCGTTAGCGAAC‑TGAAGATTTGCCGGGCAATATGGGTTTCGGAACGGCGCAATGCGCTGCCAGGTAGCAGATTACGCAACGGACGATAGTAGAGCACGCGCAGGATGTGCCGCCCCTGGCGGAAGCTGCGGCCCAGATGAGAAACCAGCATTTGCCGCACAGTCGCTTTGTCGCCAACCAACTGCACTAGT‑TGGTCGATACGATCCTGCTc < 1:532901/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |