| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,516 | 0 | G | T | 23.6% | 95.3 / 14.5 | 55 | intergenic (+57/‑199) | pqiC/rmf | intermembrane transport lipoprotein PqiC/ribosome modulation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/36); new base T (13/0); total (19/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACGG‑CAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACC‑AGTATGAGGGAAACGAGGCATGAA‑GAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATC > NC_000913/1015268‑1015766 | ggTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTATCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGtt > 1:556059/1‑250 (MQ=255) gCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTctctt > 1:678342/1‑250 (MQ=255) gatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTg < 1:14159/251‑1 (MQ=255) tgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACCACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGGGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTCTTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTCTCTaaaggtcg > 2:364756/1‑245 (MQ=255) tGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCGGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTTCCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTg < 1:893986/237‑1 (MQ=255) aGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTTTCTCACGTGGGG‑GAAAA‑tttttttctt > 1:338839/1‑244 (MQ=255) aGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACCGGCGG‑GAAAA‑ATTGTTCctc > 1:877177/1‑251 (MQ=255) ggtgAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTc < 1:374971/251‑1 (MQ=255) ggCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACAttt < 1:407887/250‑1 (MQ=255) gTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGGGAAAAA‑TTT‑TTTCTCTTTCCAtttttttt > 1:790119/1‑249 (MQ=255) tGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGGTTTTTTTTCTCTCACGTGCGG‑AAAAAATTTGtcctttttaccatttttttac > 1:856211/1‑231 (MQ=255) caccaGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTTTCTAAACTGCGG‑GAAAA‑TTTTTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAAccc > 1:411172/1‑250 (MQ=255) cAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTTTCTAACGTGCGGGAAAAA‑TTT‑TTTCTCTTCACATTTTTTTTACAACCCACATGcccc > 1:785930/1‑250 (MQ=255) aaCTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATGACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCCAAAGTGCGG‑GAAAA‑TATGTTCCTCTTCCCATTTTTTTTACAACCcacaaccccgc > 1:899078/1‑244 (MQ=255) gTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑GTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACaaa < 1:97908/251‑1 (MQ=255) ccgttccgtCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAata < 1:66346/251‑1 (MQ=255) 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gtCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGCTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGTCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCCCAAGAGATAAAGCGTCTTCCTTAATTATAAAGATTTGTAATTATAACCGTTTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTACCGTGCGG‑AAAAA‑TTTTTTCCTCCTCACATTTTTTGTATAACCGACATGCCCGTGTAGCGCACAAATATGACAgg < 1:393705/251‑2 (MQ=255) gAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTTTCTAACAGGCGG‑GGAAA‑TTTTTTCCTCTTTACATTTTTTTTTTAAACGCAATGCCCGGGTATCTCACAAatatttccatggtgtgagt > 2:67736/1‑236 (MQ=255) cagtaTGGTTACGTTGAGATGGTTAAATGGCTGGCCGGTGGCTGGATTCAGGAAGCCGCGTCTTTTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑ACGCTGTTTTTTTGGCCCTAACGTTCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTCTGTTTACGTCCGACATTCCCCGGTATCTCACATATATGACCGTGGCGTT‑AATTTTGCGCAt < 2:548364/245‑1 (MQ=255) ggATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTTTTTCTAACGTGCGG‑GAAAA‑TTTTTTTCTCTTCTCACTTTTTTTACAACCCCCATTCCCGTGTAGCCCCCAAATATGACAgggggcgtaatttttggccataac > 1:608743/1‑228 (MQ=255) aTGGTTACGATTGGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGGTTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACgg < 2:429401/251‑1 (MQ=255) ggTTACGAGGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGTAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTGGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACGG‑c < 1:79341/250‑1 (MQ=255) 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ggTGTCTGGAGTAAGGAAGCCGCTTTTCTTTCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACGG‑CAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGa < 2:685182/251‑1 (MQ=255) gAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACGG‑CAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACAt < 1:202863/251‑1 (MQ=255) ggAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTG‑AGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGG‑AAAAA‑TTTGTTCCGCTTCTCATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAAGATGACAGTGGCGTG‑AATTTTGCGCATTGACGG‑CAGTTATGATTCGCGGTATTGCTTAACTGTGATTGCACATTTAGTa < 2:877177/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |